24 logiciels pour auto entrepreneur à connaître en 2025

Par Gatien Guemas | Le 13/04/2025

Si vous avez déjà utilisé Tool Advisor, vous avez sûrement remarqué que la première ou la deuxième question était souvent “quel est votre profil ?”. 

Pour quelles raisons ? C’est simple, il s’agit souvent de la question la plus importante pour orienter vers un logiciel plutôt qu’un autre. Pour la plupart des thématiques étudiées comme les experts-comptables en ligne ou les logiciels de facturation, nous ne conseillons pas le même logiciel à un auto-entrepreneur qu’à une PME même si les autres réponses à notre questionnaire sont les mêmes. 

Il y a évidemment de nombreux autres critères (le prix, la langue, l’accompagnement, les intégrations) mais connaître votre profil permet de faire un premier tri vers le logiciel qui vous correspond.

Aujourd’hui, nous prenons le sujet à l’envers, nous faisons un focus sur les auto-entrepreneurs (ou auto-entrepreneurs). Nous vous proposons notre sélection des meilleurs logiciels pour auto entreprise.

Sans plus attendre, voici notre hall of fame des logiciels pour auto-entrepreneurs.

En bref :

Si vous avez la flemme de parcourir toute notre sélection, voici nos coups de ❤️ pour les auto-entrepreneurs :

• Indy ou Abby pour la facturation et la comptabilité
• Qonto pour le combo compte pro + logiciel de facturation gratuit
• Calendly pour vos prises de rendez-vous
• MerciApp pour une orthographe irréprochable
• Google Workspace pour vos emails, votre agenda, le stockage de vos documents et vos visios
• Notion pour votre documentation, vos process et vos to-do

Les logiciels de facturation et comptabilité pour auto-entrepreneur

Les obligations comptables pour les auto-entreprises sont relativement simples. De fait, de nombreux logiciels de comptabilité, facturation et gestion des paiements sont spécialisés sur ce segment porteur du marché. Le nombre d’autoentreprises augmente et mécaniquement la taille du marché également.

1. Indy, le logiciel de comptabilité avec une version gratuite pour les auto-entrepreneurs

Indy est un logiciel de comptabilité avec une version gratuite très intéressante pour les autoentrepreneurs. Au niveau des fonctionnalités :

• Synchronisation bancaire ;
• Catégorisation automatique des opérations ;
• Facture illimitée ;
• Pilotage de votre entreprise.

Les autres fonctionnalités (détection de la TVA et gestion des notes de frais) seront moins pertinentes pour vous mais l’intérêt d’Indy est aussi de pouvoir garder le même logiciel si votre autoentreprise évolue en société.

2. Abby, le logiciel de gestion pour les auto-entrepreneurs

Abby est un logiciel de gestion français créé en 2021 qui a connu une grosse croissance en moins de 4 ans en passant de 0 à 100 000 clients en 2025. Uniquement à destination des auto-entrepreneurs, le logiciel est très complet puisqu’il couvre tous les besoins des auto-entreprises : édition de devis et facture, paiement, suivi clients, tableaux de bord, gestion de trésorerie et déclaration.

On apprécie également sa facilité d’utilisation et ses prix compétitifs. C’est un des logiciels qu’on recommande le plus aux auto-entreprises. Abby Le logiciel propose un essai gratuit de 30 jours, très intéressant pour tester le logiciel.

3. Qonto, le compte pro avec logiciel de facturation gratuit

Qonto est le leader du compte pro en France et en Europe avec 500 000 clients. Si la licorne française est incontournable sur son offre compte pro à partir de 11€HT/mois, elle est également très intéressante pour les micro-entrepreneurs grâce à son logiciel de facturation intégré.

L’intérêt de Qonto est d’avoir un seul outil pour gérer toute la partie financière de votre micro-entreprise :

• Facture client et fournisseur
• Compte pro
• Reporting

Vous avec également quelques fonctionnalités intéressantes que seul un compte pro peut vous proposer comme le tap to pay ou le paiement fractionné.

4. Freebe, le logiciel de facturation pour les freelances

Freebe est un logiciel de gestion à destination des autoentrepreneurs ou autoentrepreneurs. Le logiciel se distingue par sa facilité d’utilisation et les nombreuses possibilités d’automatisation grâce à une connexion à votre compte bancaire.

Le logiciel couvre votre facturation, votre comptabilité, votre suivi des recettes et dépenses, vos paiements, vos déclarations (URSSAF, TVA, chiffre d’affaires) et la gestion de votre temps. C’est un logiciel qu’on aime beaucoup chez Tool Advisor. On le recommande régulièrement pour les auto-entrepreneurs grâce à son combo gagnant : fonctionnalités + design + service client.

Les visiteurs de Tool Advisor bénéficient de 2 mois offerts avec le code TOOLADVISOR.

5. Superindep, le logiciel pour automatiser vos déclarations en micro

Superindep est un OVNI parmi les outils sélectionnés dans cet article. L’outil répond à un besoin précis : automatiser les déclarations de chiffre d’affaires et de TVA des microentrepreneurs et détecter les anomalies automatiquement. Superindep propose également un outil de facturation mais il faut avouer qu’il est très simple par rapport à ses concurrents.

On apprécie également Superindep pour la qualité de leur accompagnement. Allez voir leur fiche Google Business, l’entreprise est une des rares à avoir 5/5 avec autant d’avis.

Outil clairement sous-côté selon nous, Superindep vous permet de gagner du temps et de libérer (une partie) de votre charge mentale. Pour en savoir plus, nous vous invitons à consulter notre analyse sur Superindep.

6. Henrri, le logiciel de facturation gratuit pour auto entrepreneur

Henrri est le logiciel de facturation avec la partie gratuite la plus complète du marché. Lorsque les micro-entrepreneurs recherchent un logiciel de facturation gratuit, c’est souvent vers Henrri qu’ils se tournent, on en parle d’ailleurs dans notre sélection des logiciels gratuits pour les auto-entrepreneurs.

Au niveau des fonctionnalités : édition de devis et factures, facturation récurrente, gestion des avoirs, personnalisation, bibliothèque de documents et bien d’autres détaillées sur notre analyse d’Henrri.

7. Mon Portail (par Portail Auto-Entrepreneur), le logiciel de facturation pour les autoentrepreneurs

Mon Portail est un logiciel de facturation développé par le Portail Auto-entrepreneur qui permet aux autoentrepreneurs de gérer l’ensemble de leur activité depuis le logiciel (devis, facture, comptabilité). Mon Portail propose des fonctionnalités supplémentaires qui le différencient des logiciels précédemment cités : page professionnel en ligne, recouvrement de factures, paiement en ligne et vous bénéficiez également des nombreuses offres partenaires (Zettle, MonaBanq, N26).

Le Portail Auto-entrepeneur permet également d’être conseillé par un assistant pour vous accompagner dans la gestion de votre autoentreprise.

Les logiciels de gestion de projet pour auto entrepreneur

La gestion de projet est un des points communs à de nombreux auto-entrepreneurs. Que vous soyez designer, rédacteur, développeur et approximativement tous les noms d’activité en -eur, vous passez beaucoup de temps sur les échanges avec vos clients.

Pour faciliter ce travail de nombreux outils sont à votre disposition. On parle ici de gestion de projet au sens large, des outils pour gérer votre to-do aux logiciels de visioconférence en passant par les outils spécifiques à la gestion de projet. 

8. Todoist, le logiciel de to-do le plus simple pour les auto-entreprises

Il existe une multitude d’applications pour gérer ses tâches (ou ses to-do pour les anglophones). Vous pouvez gérer votre planning avec un carnet et un stylo mais si on devait choisir une application pour gérer vos tâches ce serait Todoist.

L’outil est disponible en version web ou application mobile, c’est gratuit, c’est facile d’utilisation, foncez !

9. Trello, le logiciel de gestion de projet

A-t-on encore besoin de présenter Trello ? C’est l’un des outils de gestion de projet les plus connus du marché utilisé aussi bien par des auto-entrepreneurs que par des entreprises plus développées. 

Le logiciel propose une solution très simple d’utilisation pour gérer vos projets. L’outil se base sur le système de productivité Kanban. Pour résumer grossièrement, le projet est divisé en différentes étapes matérialisées sous forme de colonne. En plus de l’aspect visuel, on aime aussi beaucoup les possibilités d’automatisation et d’intégration.

10. Monday, le Work OS premium pour les prestataires de services

Monday est également un logiciel de gestion de projet et on l’aime beaucoup chez Tool Advisor ! Il possède les mêmes fonctionnalités que Trello même si l’aspect gestion de projet ne reprend pas le système Kanban.

L’outil est simple d’utilisation, personnalisable et, selon nous, légèrement plus puissant qu’un Trello pour l’automatisation.

11. Notion, l’outil no-code d’organisation pour les auto-entrepreneurs

Notion est un outil à tout faire ou, comme l’entreprise le clame sur son site, un all-in-one workplace qui veut dire peu ou prou la même chose en anglais. 

Le logiciel vous permet de centraliser : 

• La documentation et les process de votre entreprise ;
• La prise de notes ;
• Vos to-do ;
• La gestion de projet. 

L’outil marche sur les plates-bandes de solutions comme Trello, Monday, Evernote, Jira ou le logiciel de traitement de texte Google Docs et Jira en centralisant l’ensemble des fonctionnalités au sein d’un seul outil.

12. Clockify, l’outil gratuit de time-tracking pour les auto-entrepreneurs

Clockify est un outil de time-tracking que nous utilisons chez Tool Advisor. Le principe est simple : l’outil vous aide à suivre le temps que vous allouez à chacune de vos tâches. Clockify possède une version gratuite qui deviendra rapidement votre alliée pour être mieux organisé.

Les auto-entrepreneurs vendent souvent leur temps contre une rémunération et un logiciel comme Clockify (ou une alternative) est indispensable pour développer votre activité plus sereinement.

13. Google Workspace, la meilleure suite d’outils pour vous organiser

Google Workspace est l’allié des auto-entrepreneurs avec Gmail, Google Agenda, Google Drive, Google Meet et Google Sheet. Chez Tool Advisor, on est plus Team Google que Team Microsoft sur cette partie.

La suite Google vous permet de gérer de très nombreuses parties de votre auto-entreprise au sein d’un même écosystème. Même si on manque d’originalité, on vous le recommande chaudement.

14. Whereby, le logiciel de réunion en ligne gratuit pour les auto-entreprises

De nombreux logiciels de visioconférence ont été étudiés par Tool Advisor et même si nous aurions pu vous recommander Zoom ou Google Meet, notre choix pour les auto-entrepreneurs se porte sur Whereby, anciennement connu sous le nom de Appear.in.

Ce n’est pas le logiciel de visioconférence le plus connu mais il permet de réaliser des réunions de manière très simple grâce à des “rooms” sécurisées. La version gratuite permet de réunir jusqu’à 4 personnes et ce qui est souvent largement suffisant pour les auto-entreprises.

15. Calendly, l’outil de gestion de calendrier et rendez-vous

Un dernier outil pour cette partie “gestion de projet” avec Calendly. C’est un logiciel qui facilite la prise de rendez-vous. Finis les “communiquez-moi vos disponibilités par email”. Vos clients ou partenaires peuvent prendre directement rendez-vous au sein de votre Calendly qui peut être relié à un agenda en ligne par exemple.

La solution vous permet de gagner beaucoup de temps, l’outil est très simple d’utilisation et gratuit donc vous pouvez y aller les yeux fermés. 

Calendly propose de nombreuses intégrations (Zapier, Zoom, Intercom ou Paypal) qui vous permettent d’automatiser beaucoup plus que la simple prise de rendez-vous.

Les logiciels pour mieux gérer vos emails en micro-entreprise

Le temps passé à gérer vos emails lorsque vous êtes auto-entrepreneurs peut être conséquent. Que ce soit pour prospecter, pour répondre aux demandes de vos clients ou pour traiter les demandes entrantes, des outils existent pour faciliter votre travail et, pour changer, gagner du temps.

16. MerciApp pour une orthographe et une grammaire irréprochables

MerciApp supprime les fautes d’orthographe automatiquement grâce à un logiciel bien pensé. Si vous écrivez en anglais, il faudra plutôt vous tourner vers Grammarly. 

On aime beaucoup l’outil pour sa simplicité d’utilisation et son efficacité. Nous vous conseillons vivement l’outil qui vous permettra de faire bonne impression en supprimant vos fautes tout en expliquant les règles d’orthographe ou de grammaire à respecter à chacune de vos fautes.

17. Folk CRM, le CRM pour les auto-entreprises

Si vous êtes un lecteur assidu de Tool Advisor, vous avez peut-être déjà consulté notre analyse du CRM Folk. Pour l’instant, nous sommes un peu déçus mais le logiciel a tellement de potentiel qu’on ne doute pas trop qu’il deviendra un incontournable des auto-entrepreneurs dans les prochaines années qui viennent.

La promesse de Folk ? Synchroniser votre CRM Folk avec d’autres sources de données comme LinkedIn et Gmail, mettre à jour vos données automatiquement, envoyer des emails personnalisés et mieux tracker vos actions commerciales ou de networking. Pour l’instant, c’est plus beau sur le papier qu’en vrai et le logiciel ressemble plus à un gestionnaire de contacts qu’un CRM mais quand on connaît l’équipe derrière le projet (eFounders, Thibaud Elzière, Erwan Gautier ex-Ornikar et Dougs), on sait que la mayonnaise va finir par prendre.

18. Mailtrack pour tracker l’ouverture de vos emails

Mailtrack est un outil pour tracker l’ouverture de vos emails sur gmail. Il est très utile pour savoir si vos clients ou prospects ont consulté vos emails, cela permet de mieux doser vos relances et d’adapter vos réponses.

Avec cet outil vous pouvez savoir quand est-ce que votre email a été ouvert et vous pouvez même être averti par une notification. Si tous les auto-entrepreneurs ne sont pas concernés par Mailtrack c’est un outil qui vous coûtera moins de 9 euros par mois et qui peut facilement fluidifier vos échanges par email.

19. Dropcontact pour trouver l’adresse email de quelqu’un

On aurait pu citer Lusha, Hunter.io et beaucoup d’autres solutions, nous nous contenterons de Dropcontact. Cet outil vous permet de trouver l’adresse email et le numéro de téléphone d’à peu près n’importe qui sur internet.

C’est un outil très utile pour la prospection commerciale qui peut être relié à vos différents outils comme votre CRM pour automatiser toute votre prospection.

20. Zapier pour automatiser vos tâches récurrentes

Continuons sur l’automatisation avec l’outil no code Zapier. Cet outil sert à relier de très nombreux logiciels entre eux pour automatiser vos tâches. Quelques exemples de zap pour les auto-entrepreneurs : 

• Envoyer un email automatique après une réponse à un formulaire ; 
• Ajouter un nouveau client/prospect à une liste d’emails ;
• Recevoir une notification quand votre client modifie votre Trello ou votre Monday ;
• Envoyer une facture automatiquement.

Les possibilités avec Zapier sont quasiment infinies, on l’utilise énormément chez Tool Advisor et si vous ne l’avez pas encore testé, nous vous le recommandons chaudement. Zapier n’est pas uniquement à destination des professionnels avec des compétences techniques, vous pourrez facilement automatiser vos tâches sans être développeur.

Les logiciels de design pour auto entrepreneur

21. Canva, l’outil numéro 1 pour créer de beaux visuels

Canva est un logiciel qui vous permet de réaliser de nombreux visuels comme des bannières, des visuels pour des publicités ou des illustrations pour vos présentations.

Si les auto-entrepreneurs designers préfèreront des logiciels plus spécialisés (Photoshop, Indesign ou figma pour ne citer qu’eux), l’outil Canva rendra de nombreux services grâce à sa simplicité d’utilisation et sa gratuité.

22. Pexels pour des images uniques et orignales

Pour l’incontournable banque d’images libres de droit, nous avons décidé de faire plus original que ShutterStock et Unsplash en vous citant Pexels. Si les deux solutions citées précédemment sont très qualitatives. On préfère Pexels sur la partie image gratuite qui est parfois un peu dépourvue du côté des géants du marché.

Bonus : nos deux coups de coeur inclassables pour auto entrepreneur

23. TheAssistant, l’assistant virtuel augmenté à l’IA

TheAssistant, c’est le turfu. Imaginez un assistant virtuel mi-humain, mi-IA qui automatise toutes vos tâches répétitives  Le logiciel s’appuie sur l’IA ou des humains en fonction de la tâche et, contrairement aux assistants virtuels classiques, vous payez à la tâche.

Cela vous coutera, selon les chiffes de TheAssistant, l’équivalent de 40 euros de l’heure. 40 tâches de TheAssistant correspondent à 1 heure de travail et le prix des crédits varient entre 0,90€ et 1,15€ en fonction du volume.

Vous l’aurez compris, la productivité est une des clés de la réussite pour un auto entrepreneur et un assistant virtuel vous fera gagner du temps et de l’argent. Nous vous conseillons de tester sur vos tâches les plus récurrents, chronophages ou à faible valeur ajouter avant d’implémenter ça pour l’ensemble des tâches de votre quotidien

24. Loom, l’outil vidéo pour améliorer votre relation client

Notre deuxième coup de coeur est un outil qui va changer votre relation client : Loom. Le logiciel permet d’enregistrer rapidement une vidéo de votre écran, de vous ou des deux en même temps pour l’envoyer à votre client ou votre prospect. 

La vidéo permet de gagner en clarté et en temps par rapport aux emails, l’outil n’est pas encore beaucoup utilisé par les auto-entrepreneurs et il permet de vous démarquer en faisant des retours clairs et professionnels à l’aide du format vidéo. À chaque fois qu’un commercial ou un chargé de relation client me répond avec un Loom, je me dis que tout le monde devrait l’utiliser.

L’augmentation du nombre de microentreprises (+ de 2,5 millions de microentreprises selon les derniers chiffres), entraîne un également « boom » des offres de services pour ce public particulier. On pense notamment à Wemind et son offre de mutuelle, Shine et son compte pro en ligne en banque à destination des indépendants, Indy et son compte pro gratuit, Jump et son offre de portage salarial 2.0 ou la fintech Finfrog avec son offre de crédit adapté pour les auto-entrepreneurs.

Nous sommes toujours ouverts pour découvrir de nouvelles pépites, si vous pensez que nous avons oublié un incontournable ou vous avez un logiciel méconnu qui change votre quotidien à nous faire découvrir par email, vous pouvez nous écrire en passant par notre formulaire de contact.

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Gatien Guemas

Fondateur de Tool Advisor

Ses trois logiciels préférés : Notion, Calendly pour prendre des rendez-vous et l’indispensable Suite Google.