Les 9 Meilleurs Logiciels de Paie en 2025 : Le Comparatif Complet

Dernière mise à jour le 13/05/2025

Quel est le meilleur logiciel de paie ? C’est celui qui correspond à votre entreprise et vos besoins. Comparer les nombreuses solutions de paie est tout sauf une partie de plaisir (on confirme). On l’a fait pour vous.

Pour vous proposer le comparatif des logiciels de paie le plus complet et transparent en 2025, nous avons passé plus de 64 heures à tester, analyser et comparer 9 logiciels de gestion de la paie et nous avons récolté plus de 900 retours utilisateurs.

Notre objectif ? Vous aider à faire le bon choix pour votre paie rapidement et facilement. Vous cherchez le logiciel de paie idéal ? Suivez le guide !

Si vous avez la flemme de parcourir notre comparatif détaillé, voici nos recommandations ❤️ :

  • PayFit pour la facilité d’utilisation et les nombreuses fonctionnalités RH ;
  • malibou pour l’accompagnement par un gestionnaire de paie dédié et les prix compétitifs ;
  • Silae pour les professionnels de la paie.

Notre sélection des 9 meilleurs logiciels de paie en 2025

Nous privilégions la qualité des analyses à la quantité. Les logiciels de paie les plus utilisés, les plus connus et ceux qui répondent aux besoins de nos visiteurs sont d’abord étudiés et nous complétons régulièrement notre analyse comparative avec de nouveaux logiciels de gestion de paie.

Les logiciels étudiés dans notre comparatif sont : PayFit, malibou, Silae, Sage, Macompta, fiche-paie.net, Listo Paye, Cegid et ADP.

logiciel de paie comparatif 2025

Il existe d’autres logiciels de gestion de la paie qui ne sont pas encore présents dans notre comparatif mais qui méritent d’être mentionnés.

On pense notamment aux logiciels suivant : 123paie, EBP et Nibelis.

1. PayFit, le meilleur logiciel de paie pour les TPE et startups

payfit logiciel de paie

PayFit est un logiciel de paie et SIRH français pour les TPE et les PME. Lancé en 2016, le logiciel de paie propose le logiciel le plus intuitif du marché avec un accent mis sur l’automatisation. Gestion des congés et des absences, suivi des temps, notes de frais… Le logiciel propose également de nombreuses fonctionnalités au sein de son logiciel tout en un.

PayFit génère vos bulletins de paie et votre DSN, calcule et verse vos cotisations sociales et vous rappelle vos échéances de paiement. Le logiciel de paie avance le chiffre de 90% de temps gagné sur votre paie.

Nous recommandons PayFit aux TPE et PME qui veulent automatiser leurs paies avec l’un des logiciels le plus complet du marché tout en restant simple d’utilisation.

Nous aimons également beaucoup l’évolution du logiciel de paie vers un logiciel SIRH tout-en-un.

Note Tool Advisor Pour qui ? Prix (à partir de)
9,4/10 Les TPE et PME À partir de 68€/mois

2. malibou, le meilleur rapport qualité-prix avec accompagnement par un gestionnaire de paie

malibou logiciel de paie

Le logiciel de paie et logiciel RH malibou se distingue des solutions existantes sur le marché par la qualité de son accompagnement. C’est souvent le point noir de la paie, malibou en fait une force, vous avez un gestionnaire de paie dédié qui vous répond par chat et par téléphone.

La deuxième différence : les prix. Avec un bulletin de paie à 26€, difficile de faire mieux.

Malibou propose un un logiciel de paie complet avec de nombreuses fonctionnalités RH qui s’intègre au logiciel de paie pour automatiser un maximum d’actions paie et RH.

Note Tool Advisor Pour qui ? Prix (à partir de)
9,4/10 Les TPE et PME À partir de 26€/mois

3. Silae, le meilleur logiciel de paie pour les professionnels de la paie

Silae logiciel paie

Silae est un des leaders français de la gestion de paie grâce à son logiciel complet à destination des professionnels de la paie (experts-comptables, gestionnaires de paie). Silae ne s’adresse pas directement aux entrepreneurs mais propose de mettre en relation les professionnels de la paie utilisant Silae.

Moins connu que PayFit, Silae compte pourtant plus d’entreprises clientes que PayFit grâce à sa stratégie 100% professionnels de la paie. Le logiciel est très complet avec différents modules :

  • Silae Paie ;
  • MySilae pour les congés et les absences ;
  • Silae BI pour les tableaux de bord et l’analyse de données RH ;
  • Silae RH pour la gestion du personnel de l’embauche à la paie ;
  • Silae Expense pour la gestion des dépenses.

Le logiciel est légèrement en retrait par rapport à PayFit sur le design et la satisfaction client mais il mérite tout de même sa place sur le podium des logiciels de paie les plus utilisés.

Silae a eu le « bonne idée » de faire x2 voire x3 sur ses prix en 2024. Devant la fronde des experts-comptables, il semblerait que le logiciel ait fait machine arrière mais d’expérience cela signifie tout de même que l’augmentation des prix entre 2024 et 2025 sera importante. Ce qui n’enlève rien aux qualités du logiciel…

Note Tool Advisor Pour qui ? Prix (à partir de)
8,4/10 Les TPE et PME Sur devis

4. Sage, le logiciel de comptabilité avec gestion de la paie

sage logiciel de paie les plus utilises

Sage est un logiciel de comptabilité-ERP proposant deux modules pour la gestion de la paie. Un logiciel de paie à destination des TPE et PME de moins de 100 salariés Sage Business Cloud paie et un logiciel de paie pour les PME et ETI de plus de 100 salariés Sage 100 Paie et RH. L’éditeur s’adresse dont à tous les types d’entreprise grâce à un outil très complet.

Le logiciel propose son module de paie à un tarif assez bas mais il doit être complété par des options comme :

  • Le module congés et absences ;
  • Le module entretiens et objectifs ;
  • Le module dataviz.

Le prix grimpe donc rapidement qu’ils sont illisibles. Sage est un logiciel réputé qui a construit ses succès sur deux points forts : la facilité d’utilisation et l’accompagnement client. Sage souffre de la concurrence des logiciels français (où la paie est beaucoup plus complexe que dans les autres pays) mais n’en reste pas moins un logiciel que nous recommandons souvent aux professionnels qui cherchent un logiciel moins cher que PayFit.

Note Tool Advisor Pour qui ? Prix (à partir de)
9/10 Les TPE et PME 20€/mois

5. MaCompta, le meilleur logiciel de paie pour les débutants

Macompta logiciel de paie

Macompta.fr est un logiciel de comptabilité en ligne complet qui permet aux professionnels de gérer leur comptabilité de A à Z en toute autonomie. Le logiciel propose également un logiciel de paie pensé pour les non-spécialistes : simple, facile d’utilisation et intuitif.

Le logiciel de paie MaCompta est pour nous le logiciel le plus sous-côtés de cette liste. Le design est à la traine mais MaCompta a de nombreux avantages :

  • L’accessibilité aux non-spécialistes de la paie ;
  • Le meilleur (ou un des meilleurs) rapport qualité/prix du marché ;
  • L’accompagnement client.

On apprécie beaucoup la vision de MaCompta : offrir le logiciel le plus simple d’utilisation pour les TPE. On apprécie également le prix bas et la transparence sur les prix. Si vos besoin sont simples, nous vous conseillons d’ajouter MaCompta à votre benchmark.

Note Tool Advisor Pour qui ? Prix (à partir de)
9,1/10 Les TPE 25€/mois

6. Fiche-paie, la meilleure solution de paie pour les indépendants

fiche paie net logiciel de paie comparatif

Fiche-paie.net est un logiciel de gestion de paie SaaS développé par la société DOTNET. Le logiciel s’adresse aux indépendants et TPE. Le logiciel mise sur la facilité d’utilisation et la rapidité de prise en main. Fiche-paie.net propose les tarifs parmi les plus compétitifs du marché.

À ce prix-là (moins de 10€ pour le prix d’appel), pas ou peu d’automatisation et un design moyen mais si le prix bas est le critère le plus important pour vous, Fiche-paie.net peut être intéressant. Il existe de nombreux « petits outils » de paie en ligne comme Fiche-paie.net qui propose une solution simple et, sur ce segment, le logiciel est le meilleur.

Note Tool Advisor Pour qui ? Prix (à partir de)
8,7/10 Les TPE 9,90€/mois

7. Listo Paye, la solution abordable pour automatiser votre paie

listo paye logiciel de paie pas cher

Listo Paye est un logiciel SaaS français, dont le siège se situe à Nantes, qui propose un logiciel à destination des TPE et petites PME. Moins connu que ses concurrents, l’outil se démarque en ciblant les petites entreprises avec un logiciel simple d’utilisation et un accompagnement par des spécialistes de la paie.

Listo Paye se situe au milieu du marché, assez loin des PayFit, Silae, Sage au niveau des fonctionnalités (et des prix) mais largement devant les logiciels qui misent sur un prix bas et sur les fonctionnalités essentielles. C’est une excellente solution intermédiaire avec d’excellents retours clients.

Note Tool Advisor Pour qui ? Prix (à partir de)
8,9/10 Les TPE et PME 41€/mois

8. Cegid, l’ERP avec module de paie

cegid logiciel de paie comparatif

Cegid est un logiciel de comptabilité-ERP qui propose des solutions de paie à destination des PME et des grands groupes. Le logiciel s’adresse aussi bien aux professionnels qu’aux spécialistes de la paie grâce à différents modules : PeopleNet et Quadra.

Nous sommes partagés sur Cegid, d’un côté c’est un logiciel historique sur le marché de la comptabilité, l’ERP et la paie, d’un autre côté le niveau de satisfaction client est en-dessous de la moyenne. Design, accompagnement, manque de fonctionnalités, les griefs des utilisateurs de Cegid sont nombreux mais, à l’image d’un Salesforce sur le CRM, Cegid reste incontournable pour plusieurs raisons :

  • Il reste très complet et convient bien aux PME ;
  • C’est un des logiciels les plus utilisés du marché, les professionnels de la paie sont donc habitués à travailler sur le logiciel.

Notre conseil : si vous êtes une grosse PME qui a besoin d’un ERP, Cegid peut être intéressant. Si vous êtes une TPE qui construit sa « stack logicielle », utilisez plutôt d’autres logiciels.

Note Tool Advisor Pour qui ? Prix (à partir de)
8,1/10 Les TPE et PME Sur devis

9. ADP, la meilleure solution pour externaliser votre paie

adp externalisation de la paie

ADP est une solution d’externalisation de la paie à destination des entreprises de plus de 10 salariés. L’entreprise américaine, présente dans le monde entier, propose différentes solutions pour la gestion de la paie en fonction de la taille de votre entreprise.

Contrairement aux logiciels de paie ou aux logiciels de préparation à la paie présents dans notre comparatif, ADP c’est un outil de paie + des professionnels pour faire votre paie. La solution est intéressante pour les entreprises qui veulent externaliser complètement la gestion de leur paie.

Note Tool Advisor Pour qui ? Prix (à partir de)
9/10 Les TPE, PME et ETI Sur devis

Comparatif détaillé des logiciels de paie en 2025

Notre objectif est simple : vous aider à faire le bon choix grâce à nos conseils et une analyse détaillée et indépendante des différents logiciels de paie. Nous avons testé et analysé des logiciels très différents :

Nous mettons tous les éléments en notre possession à votre disposition dans ce comparatif pour vous aider à faire votre choix.

Pourquoi vous pouvez nous faire confiance ? Chez Tool Advisor, pas de publicités, de publireportages ou d’enchères pour être mis en avant. Notre processus d’analyse et de notation est le même pour les 9 logiciels de paie qui sont analysés sur plus de 50 critères. Nous mettons régulièrement à jour nos analyses en toute indépendance et elles ne sont pas revues par les logiciels.

Le marché des logiciels de paie en 2025

Qu’est-ce qu’un logiciel de paie ?

Un logiciel de paie ou logiciel de traitement de la paie est une solution informatique, en SaaS sur le cloud ou à télécharger, permettant de gérer l’ensemble du processus de paie. Ces logiciels font partie de la famille des logiciels SIRH (système d’information de gestion des ressources humaines) autrement appelé logiciel de gestion RH.

Les fonctionnalités des logiciels de paie ne s’arrêtent donc pas à la seule édition des fiches de paie mais couvre tous les besoins relatifs à la gestion sociale des entreprises :

  • Édition des bulletins de paie des employés en prenant en compte tous les éléments nécessaires comme les jours de congés ou les heures supplémentaires ;
  • Dématérialisation des fiches de paie et archivage légal ;
  • Édition des documents relatifs aux ressources humaines comme la déclaration unique d’embauche (DUE), l’attestation Pôle Emploi, la promesse d’embauche, le contrat de travail, la rupture conventionnelle, le solde de tout compte et les arrêts de travail ;
  • Télédéclaration des fameuses déclarations sociales nominatives (DSN) et réalisation de la déclaration annuelle des données sociales (DADS) ;
  • Tenue du registre du personnel ;
  • Paiements des cotisations et rémunérations ;
  • Intégration des écritures de paie avec votre logiciel de comptabilité.

Tous les logiciels de paie présents dans notre comparatif n’ont pas le même mode de fonctionnement. On peut les séparer en plusieurs catégories :

  • Les logiciels de paie pour les entrepreneurs ;
  • Les logiciels de paie pour les professionnels de la paie (cabinet d’expert-comptable, cabinet de gestion de la paie, gestionnaire de paie) ;
  • Les logiciels de paie avec une solution d’externalisation.

Ces trois types de logiciels sont présents dans notre comparatif pour vous donner une vision globale du marché même si la plupart de nos visiteurs recherchent un logiciel de paie pour entrepreneur.

Quels sont les logiciels de paie les plus utilisés ?

Chez Tool Advisor, nous aimons bien vous fournir de la data unique. Nous avons pour habitude de faire un panorama de chaque thématique analysée en fonction du nombre de clients.

Pour les logiciels de paie, c’est plus compliqué.

La comparaison entre le nombre de clients des logiciels créés il y a 20 ans et ceux créés il y a 10 est plus difficile et comparer le nombre de clients entre des logiciels pour grands groupes et indépendants l’est tout autant.

Et ce n’est pas fini. Les logiciels de paie manquent de transparences sur le nombre de leurs clients. Les notions d’utilisateurs (les employés) et les clients (les entreprises) se mélangent opportunément quand certains logiciels RH ne communique que sur le nombre globale de leurs clients.

Les chiffres ci-dessous sont donc à prendre avec des pincettes mais c’est tout ce que nous avons pu trouver pendant nos recherches.

Nombre de clients logiciel de paie 2025

Vous l’aurez deviné. Listo Paye et ADP ne communique pas cette donnée, d’où leur absence dans ce tableau.

Il semble également que MaCompta compte 1 fiche de paie = 1 client quand PayFit, Silae et Sage compte 1 entreprise = 1 client. Cerise sur le gâteau, les 700 000 clients avancées par Cegid ne sont pas tous utilisateurs/clients du module logiciel de paie.

Comment fonctionne un logiciel de gestion de paie ?

Tous les logiciels de gestion de paie ne s’utilisent pas sur le modèle classique du SaaS et certains devront être installés sur votre ordinateur (oui cela existe encore).

Pour le fonctionnement, il est similaire pour l’ensemble des éditeurs : la personne en charge de la paie (en interne ou avec une solution d’externalisation) complète les informations pour chaque salarié (heures travaillées, heures supplémentaires, congés payés, primes, frais).

Ensuite, les logiciels permettent d’éditer le bulletin de salaire au format papier ou numérique. La dématérialisation des fiches de paie est possible, sans être une obligation légale, depuis une loi de 2017.

Les données de paie sont ensuite transmises aux différents organismes (URSSAF, impôt, caisse de retraite) grâce à la déclaration sociale nominative et rebelote le mois suivant.

Quels sont les avantages des logiciels de paie ?

Comme tous les logiciels B2B, l’argument numéro 1 des éditeurs est de vous faire gagner du temps et d’améliorer votre productivité grâce à l’automatisation de certaines tâches mais les avantages d’un logiciel vont plus loin :

  • Respecter la réglementation en vigueur : les logiciels sont mis à jour en fonction de l’évolution des lois, du droit social et du droit du travail de manière automatique pour que vos fiches de paie et contrats respectent les dispositifs légaux ;
  • Diminuer le risque d’erreur : les logiciels de paie automatisent certaines tâches ce qui évite les erreurs de saisie et ils vérifient que vos bulletins de salaire et déclarations ne comportent pas d’erreurs ;
  • Stockage sécurisé de vos données : les données de paie sont des données sensibles, les éditeurs accordent une importance toute particulière au respect du RGPD et à la sécurisation de vos données ;
  • Valorisation de vos données : les solutions de paie mettent à disposition de leurs clients des tableaux de bord pour gagner en visibilité et obtenir de nombreuses données intéressantes sur le volet social de votre entreprise.

Il y a de nombreux avantages aux logiciels de paie mais il y a également quelques inconvénients. N’enterrez pas tout de suite les cabinets de gestion de la paie car le domaine reste toujours très (trop ?) compliqué et le risque d’erreur est toujours présent.

Faire le bon choix est donc indispensable. Un logiciel de paie se garde de nombreuses années et choisir un logiciel de gestion de la paie qui ne correspond pas à vos besoins et à votre profil peut avoir des conséquences sur votre business. Mais rassurez-vous, c’est finalement assez simple de faire le bon choix.

Quel est le profil type des clients de chaque logiciel de paie ?

Pour trouver le meilleur logiciel de paie pour votre entreprise, la première étape consiste à bien calibrer vos besoins. Pour cela, posez-vous les questions suivantes :

Avez-vous besoin d’un outil de paie pour gérer votre paie vous-même ou en interne ?

Combien avez-vous de salariés ?

Avez-vous besoin d’un accompagnement par un service client ou par un expert de la paie ?

Souhaitez-vous externaliser totalement la gestion sociale de votre entreprise ?

À chaque logiciel son besoin. Pour faire un premier tri, nous séparons les logiciels en fonction de leur catégorie que nous vous avons mentionnés précédemment :

  • Les logiciels de paie pour les entrepreneurs ;
  • Les logiciels de paie pour les professionnels de la paie (cabinet d’expert-comptable, cabinet de gestion de la paie, gestionnaire de paie) ;
  • Les logiciels de paie avec une solution d’externalisation.

Nous vous indiquons également à qui s’adresse les différents logiciels.

Entrepreneurs Professionnels de la paie Externalisation de la paie Cible
Payfit TPE et PME
malibou TPE et PME
Silae (avec des partenaires Silae) Professionnels de la paie
Sage TPE, PME et ETI
Macompta TPE
Fiche-paie.net TPE
Listo Paye TPE et PME
Cegid TPE, PME et ETI
ADP TPE, PME et ETI

Ce tableau devrait déjà vous aider à éliminer quelques solutions qui ne correspondent pas à votre besoin. Il ne s’agit que de la première étape de notre analyse et la suite de notre comparatif des logiciels de paie vous aidera à affiner votre choix.

Quelles sont les fonctionnalités des logiciels de paie ?

Il est difficile de comparer les logiciels de paie sur les fonctionnalités car toutes les fonctionnalités basiques listées ci-dessous sont obligatoires pour le bon fonctionnement du logiciel :

  • Édition des bulletins de salaire des employés ;
  • Dématérialisation des fiches de paie ;
  • Prise en compte des éléments variables de la paie ;
  • Édition des documents relatifs aux ressources humaines ;
  • Télédéclaration mensuelle des DSN ;
  • Tenue du registre du personnel ;
  • Paiement des cotisations sociales et salariales ;
  • Intégration des écritures de paie avec votre logiciel de comptabilité.

Notre analyse portera donc sur les fonctionnalités additionnelles qui peuvent faire la différence dans votre choix en listant celles qui, selon nous, font la différence pour chaque logiciel.

Les points forts
Payfit L’automatisation (des éléments de la paie, des déclarations, de l’envoi et des paiements), les intégrations, la gestion des congés, absences et notes de frais et les accès salariés.
malibou L’accompagnement par un gestionnaire de paie dédié, la fiabilité du logiciel et les prix très compétitifs.
Silae La gestion des congés, absences et notes de frais et l’intégration de plus de 830 CCN (convention collective nationale).
Sage L’application mobile, la gestion des congés et absences et les tableaux de bord.
Macompta La détection des anomalies et les modèles par secteur d’activité.
Fiche-paie.net La gestion des régimes spécifiques et l’intégration de plus de 10000 CCN (convention collective nationale).
Listo Paye L’application employée, le tableau de bord, l’application mobile et la gestion des exonérations JEI, JEU et TPE.
Cegid Index égalité femme homme et le coffre-fort.
ADP L’application mobile, la gestion des notes de frais et l’externalisation totale de la paie.

Les logiciels de paie misent sur des stratégies différentes et il est important de le comprendre pour faire le bon choix. Certains logiciels se focalisent sur la simplicité d’utilisation avec moins de fonctionnalités comme fiche-paie.net, Listo Paye ou Macompta.

D’autres comme PayFit ou Silae sont beaucoup plus complets tout en essayant de maintenir une facilité d’utilisation bienvenue dans un secteur compliqué.

Enfin, des logiciels comme ADP s’appuient sur un logiciel complet et un accompagnement externalisé.

Pour vous orienter vers le logiciel qui vous correspond, demandez-vous si vous avez besoin d’un logiciel minimaliste, complet et d’un accompagnement par un spécialiste de la paie ou par un conseiller formé sur le sujet.

Quels sont les prix des logiciels de paie ?

Chez Tool Advisor, un de nos principaux conseils est d’encourager les entrepreneurs à aller au-delà du prix pour choisir leur logiciel de paie.

Si vous recherchez un logiciel de paie gratuit, cela existe. Mieux que votre tableau Excel ou Google Sheet, certains logiciels de paye gratuits comme Oxygene ou ABZ Paie peuvent vous intéresser mais l’offre est très limitée et vous gagnerez du temps avec les éditeurs présentés dans notre comparatif.

En résumé : nous ne conseillons pas les logiciels de paie gratuits.

Si vous recherchez un logiciel de paie pas cher, cela existe aussi mais le « pas cher » est souvent une question de point de vue en mettant en perspective les fonctionnalités proposées. Il est souvent plus judicieux de mettre 50 ou 100 euros de plus par mois pour un meilleur logiciel de paie et pour un meilleur accompagnement.

Les tarifs des logiciels sont parfois opaques et c’est là qu’on intervient pour vous aider.

Pour comparer les tarifs des logiciels de paie, nous avons utilisé 2 cas de figure :

  • Prix pour 2 bulletins de salaire ;
  • Prix pour 10 bulletins de salaire.

Il s’agit de prix « à partir de » et donc du premier abonnement qui ne comprend pas certaines fonctionnalités avancées comme la gestion des absences, la génération des contrats ou les espaces employés.

Nous indiquons également la durée d’engagement auprès des logiciels de paie.

Prix pour 2 fiches de paie Prix pour 10 fiches de paie Sans engagement
Payfit 87€/mois* 289€/mois
malibou 52€/mois 260€/mois
Silae Sur devis Sur devis
Sage 20€/mois 125€/mois
Macompta 25€/mois 79€/mois
Fiche-paie.net 29,85€/mois 99,80€/mois
Listo Paye 53€/mois** 169€/mois
Cegid Sur devis Sur devis
ADP Sur devis Sur devis

*Ce tarif ne comprend pas la création de compte à 50€ ce qui réprésente 100€ de plus la première année pour deux salariés et 500€ pour 10 salariés.

**Ce tarif ne comprend pas non plus la création de compte à 10€ par salarié avec un minimum de 50€. Lissés sur la première année, les tarifs de Listo Paye sont donc de 20€/mois pour 2 bulletins de salaire et 88€/mois pour 10 bulletins de salaires.

Disclaimer : les prix des logiciels de paie sont vraiment très difficiles à décrypter (= des coûts cachés supplémentaires sont à prévoir). Si une tendance se dégage et qu’on peut vous dire qu’un logiciel est « plutôt » moins cher qu’un autre, cela dépend souvent de vos besoins.

Pour être sûr du prix du logiciel de paie, demandez un devis détaillé. Faites attention aux possibles frais cachés et aux frais de paramétrage.

Logiciel de paie : nos recommandations

Selon nous, le meilleur logiciel de paie n’existe pas. Vous devez choisir celui qui vous correspond en fonction de votre profil, vos besoins et votre budget.

Pour vous aider, on se mouille un peu en vous donnant quelques recommandations :

PayFit pour les TPE et PME et veulent gérer leur paie en interne ;

malibou pour les TPE et PME qui cherchent un logiciel avec un accompagnement par un gestionnaire de paie dédié ;

Silae pour les experts-comptables et les professionnels de la paie ;

Macompta pour les TPE qui cherchent le prix le plus bas.

Le logiciel que nous recommandons le plus est PayFit mais il a l’inconvénient d’être plutôt cher. En prenant en compte les nombreuses fonctionnalités, la facilité d’utilisation et le gain de temps, nous trouvons ça raisonnable mais certains d’entre vous rechercheront une solution moins chère.

Le dernier arrivé de notre comparatif, malibou, fait une belle entrée dans ce comparatif avec de solides arguments : un logiciel qui se base sur le moteur de paie Silae, un accompagnement par un gestionnaire de paie dédié et des prix très compétitifs.

Sage et Cegid sont également de très bons logiciels mais nous vous les recommandons plus si vous avez besoin d’un ERP ou logiciel de comptabilité et que vous pouvez être intéressé par la suite logicielle complète.

Pour finir, ne négligez pas l’externalisation totale de votre paie auprès d’ADP, de votre expert-comptable ou d’un un cabinet spécialisé dans la paie.

Comparatif des logiciels de paie 2025 : le récap’

Note Tool Advisor Cible Prix pour 2 fiches de paie Prix pour 10 fiches de paie
Payfit 9,4/10 TPE et PME 87€/mois 289€/mois
malibou 9,4/10 TPE et PME 52€/mois 260€/mois
Silae 8,4/10 Professionnels de la paie Sur devis Sur devis
Sage 9/10 TPE, PME et ETI 20€/mois 125€/mois
Macompta 9,1/10 TPE 25€/mois 79€/mois
Fiche-paie.net 8,7/10 TPE 29,85€/mois 99,80€/mois
Listo Paye 8,9/10 TPE et PME 53€/mois* 169€/mois
Cegid 8,1/10 TPE, PME et ETI Sur devis Sur devis
ADP 9/10 TPE, PME et ETI Sur devis Sur devis

Les alternatives aux logiciels de paie

Si ce comparatif est consacré aux logiciels de paie en ligne, ils ne représentent qu’une toute petite partie du marché de la paie et il existe de nombreuses alternatives. Ni mieux, ni moins bien, elles concernent des professionnels qui ont des besoins différents auxquels les logiciels de paie ne répondent pas.

Un cabinet de gestion sociale et d’externalisation de la paie

C’est le choix le plus évident si vous cherchez une alternative aux logiciels de paie en ligne. La gestion sociale d’une entreprise est compliquée (merci l’administration française, toujours au top). Il existe des entreprises qui peuvent vous accompagner sur ce point précis, on les appelle des cabinets de gestion sociale ou des cabinets d’externalisation de la paie. Ils sont spécialisés sur la partie sociale des entreprises et pourront vous accompagner sur :

  • Le traitement et la gestion de votre paie ;
  • La gestion administrative ;
  • Accompagnement sur les problématiques RH ;
  • Conseils en droit social.

Ces structures ont de nombreux avantages et vous permettent d’alléger considérablement votre charge mentale sur la paie et l’administratif. L’inconvénient est que ces solutions sont plus chers. Vous serez loin du bulletin de salaire à 30€/mois en passant par ce type de structure mais l’avantage principale est la spécialisation et le conseil.

Votre expert-comptable ou expert-comptable en ligne

Les cabinets d’expertise-comptable ou d’expertise-comptable en ligne sont d’excellentes alternatives. Ils sont moins chers que les spécialistes de la gestion sociale mais ils proposent souvent des conseils beaucoup moins poussés. La plupart des cabinets d’expertise-comptable propose un service paie et droit social.

C’est le choix que nous avons fait chez Tool Advisor, cela nous permet d’externaliser la paie à 100%.

Un spécialiste de la paie au sein de votre entreprise

Si votre entreprise grandit (bravo à vous), nous vous conseillons de vous pencher sérieusement sur le recrutement d’un ou d’une spécialiste de la paie. Profil rare sur le marché (autant vous prévenir), le spécialiste de la paie pourra vous épauler sur d’autres problématiques administratives que la seule paie. C’est la meilleure alternative aux logiciels de paie si vous passez de la case TPE à PME.

Bon… Soyons honnête, si vous recrutez un gestionnaire de paie au sein de votre entreprise, vous devrez aussi vous équiper d’un logiciel mais nous vous conseillons de laisser votre nouvelle recrue choisir le logiciel sur lequel il est le plus à l’aise.

Le saviez-vous ? La France est championne du monde de la complexité de la paie. Ce n’est pas nous qui le disons mais une étude de l’entreprise Alight¹ qui date de 2023. Comme une bonne nouvelle n’arrive jamais seule, selon l’étude menée en 2021 par cette même entreprise, nous étions déjà les champions du monde de la complexité de la paie : cocorico !

Comment choisir le meilleur logiciel de paie en fonction de votre profil ?

Pour choisir le logiciel de paie qui vous correspond, nous vous conseillons de vous les questions suivantes.

Quel est le logiciel de gestion de la paie qui correspond à votre besoin ?

Pensez-vous gérer votre paie en interne avec un non-spécialiste du social ? Avec spécialiste ? Avez-vous besoin d’accompagnement par un expert ou par un conseiller client formé sur le sujet ? Souhaitez-vous externaliser toute la gestion de votre paie ?

En répondant à ces questions, vous supprimerez déjà plus de la moitié des logiciels de paie présents dans notre liste.

Faites attention à anticiper l’évolution de votre entreprise. Changer de solution de paie est tout sauf un plaisir (ceci est un euphémisme). Si vous pensez passer de 2 salariés à 20 en 1 an (on vous le souhaite), choisissez directement un logiciel de paie riche en fonctionnalités.

Quelles sont les fonctionnalités indispensables pour votre logiciel (et les fonctionnalités secondaires) ?

Les logiciels de paie ne se limitent pas à la paie. Des logiciels comme Cegid et Sage sont de véritables ERP quand PayFit est également un logiciel RH. Avez-vous besoin d’un logiciel qui ne fait que de la paie ou un logiciel plus complet ?

Certains logiciels SIRH permettent par exemple de gérer la génération de contrat, la signature de contrat, les échanges entre managers et employés, les entretiens de performance, la gestion des temps et l’engagement collaborateur. Ces logiciels seront évidemment plus chers.

Certains logiciels sont plus avancés que d’autres dans la gestion des congés et des absences. Par exemple, des logiciels comme PayFit permettent à vos employés de visualiser le solde de congés et de RTT ainsi que le décompte pour l’année N et N-1 directement depuis leur espace employé.

Les logiciels s’adaptent aux conventions collectives et permettent de gérer les absences exceptionnelles (avec plus ou moins de faciliter) comme les congés pour enfant maladie, les temps partiels thérapeutique ou les accidents de travail.

Quel est votre budget ?

Nous vous conseillons de vous poser cette question assez tard dans votre recherche de logiciel. Des logiciels comme PayFit ou Sage sont peut-être hors budget mais c’est toujours dommage de se couper des meilleurs logiciels de paie du marché alors que le retour sur investissement sera peut-être positif.

Définir un budget pour votre logiciel de paie vous permet d’avoir un point de repère, c’est à vous d’arbitrer en fonction des différents éléments cités ci-dessus pour prendre la bonne décision.

Avez-vous besoin d’intégrations avec d’autres logiciels ?

Un logiciel de gestion de la rémunération peut être intéressant à intégrer avec d’autres logiciels comme les logiciels de comptabilité, d’onboarding collaborateurs, d’expérience collaborateur, etc.

Si les intégrations sont importantes pour vous. Regardez bien sur le site des logiciels de paie et n’hésitez pas à demander aux commerciaux qui vous présentent les solutions pour gérer votre paie.

Avez-vous pensé à votre expert-comptable ou un cabinet de gestion de paie ?

Les logiciels de paie ne conviennent pas à toutes les entreprises. Les comptabilités complexes, les entrepreneurs peu digitalisés, les entrepreneurs qui ont besoin d’accompagnement, les entrepreneurs qui ont d’incroyables experts-comptables qui proposent des tarifs attractifs…

Lors de nos échanges, nous avons observé de nombreux entrepreneurs qui ont fait le chemin suivant : gestion de la paie par un cabinet d’expertise-comptable -> Logiciel de paie en interne -> retour à la gestion de la paie par un cabinet d’expertise-comptable.

Les logiciels automatisent la gestion de votre paie mais ils ne l’automatisent pas totalement. La paie, ça reste prise de tête (on prend bien soin de mettre ça à la fin de notre comparatif) et le temps passé sur cette tâche n’apporte pas beaucoup de valeur à votre entreprise tout en étant indispensable à votre activité évidemment.

Le service social ou service paie de votre cabinet d’expertise-comptable ou un cabinet spécialisé dans la paie peut également être une bonne solution à ne pas négliger.

Pour en savoir plus :

👉 Nos 5 conseils pour choisir le logiciel de paie qui vous correspond

FAQ – Les questions fréquentes sur les logiciels de paie

Quel est le meilleur logiciel de paie ?

Il n’y a pas de meilleur logiciel de paie même si certains sortent du lot comme PayFit, Silae (voir notre article sur les alternatives à Silae) ou MaCompta. Le meilleur sera celui qui correspond à votre profil et vos besoins.

Quel est le logiciel de paie le moins cher ?

On voit les 10000 entrepreneurs qui cherchent chaque année un « logiciel de paie pas cher ». Nous vous conseillons d’aller au-delà du prix mais pour vous faire une réponse courte, les logiciels de paie les moins chers sont malibou, MaCompta et Payfit.

Quel est le meilleur logiciel de paie gratuit ?

Il en existe plusieurs qui répondent aux doux noms d’Openpaye Oxygen ou Tese mais nous ne les recommandons pas car ils sont très éloignés des logiciels que nous avons analysés au niveau des fonctionnalités et du design. Vous perdrez plus de temps dans la gestion de la paie que vous économiserez d’argent en choisissant un logiciel gratuit. Certaines thématiques analysées sur Tool Advisor proposent d’excellents logiciels gratuits, c’est impossible pour la paie.

Quel est le logiciel de paie le plus utilisé ?

C’est une bonne question et c’est difficile d’y répondre. La comparaison entre des logiciels créés il y a 20 ans et ceux créés il y a 10 est très difficile et la comparaison entre des logiciels pour grands groupes et indépendants l’est tout autant.

De plus, les logiciels de paie manquent de transparences sur le nombre de leurs clients. Les notions d’utilisateurs (les employés) et les clients (les entreprises) se mélangent opportunément quand certains logiciels RH ne communique que sur le nombre globale de leurs clients.

Pour vous donner quelques chiffres en 2025:

  • PayFit : 16 000 entreprises clientes ;
  • Silae 800 000 clients par l’intermédiaire des experts-comptables ;
  • Sage : 40 000 clients ;
  • Cegid : 700 000 clients (pour tous les logiciels Cegid) ;
  • MaCompta : plus de 100 000 utilisateurs sur tous ses logiciels ;
  • Fiche-paie.net : 130 000 clients ;
  • Et ADP et Listo Paye ne communique pas sur le sujet.

Comment faire si je n’ai pas trouvé la réponse à ma question au sein du comparatif ?

Les équipes de Tool Advisor sont disponibles et peuvent répondre à vos questions en moins de 24h. N’hésitez pas à nous contacter en passant par notre formulaire de contact si vous avez besoin d’aide dans votre recherche.

auteur-tool-advisor Gatien Guemas

Fondateur de Tool Advisor

Gatien est spécialiste des logiciels B2B et du SEO. Après 5 ans au marketing de logiciels B2B en salarié puis en freelance, il est passé de l’autre côté de la barrière pour lancer Tool Advisor et aider les entrepreneurs à choisir le logiciel qui leur correspond.

Ses trois logiciels préférés : Notion, Calendly pour prendre des rendez-vous et l’indispensable Suite Google.

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