Les 15 Meilleurs Logiciels de Comptabilité en Ligne en 2025 : Le Comparatif Complet
Dernière mise à jour le 13/05/2025
Quel est le meilleur logiciel de comptabilité en ligne ? C’est celui qui correspond à votre entreprise et vos besoins. Comparer les nombreux outils de gestion comptable est tout sauf une partie de plaisir (on confirme). On l’a fait pour vous.
Pour vous proposer le comparatif des logiciels de comptabilité en ligne le plus complet et transparent en 2025, nous avons passé plus de 112 heures à tester, analyser et comparer 15 logiciels de comptabilité en ligne et notre analyse est mise jour régulièrement.
Notre objectif ? Vous aider à faire le bon choix pour votre compta rapidement et facilement. Vous cherchez le logiciel de comptabilité en ligne idéal ? Suivez le guide !
En bref :
Si vous avez la flemme de parcourir notre comparatif détaillé, voici nos recommandations ❤️ :
- Pennylane pour les petites, moyennes et grandes entreprises qui cherchent le logiciel de comptabilité le plus complet ;
- Indy pour les indépendants, les professions libérales et les TPE qui cherchent le meilleur rapport qualité/prix pour automatiser leur comptabilité ;
- Abby pour les microentrepreneurs ;
- Sellsy ou Axonaut pour les TPE et PME à la recherche d’un logiciel de gestion avec un bon module de pré-comptabilité et des fonctionnalités autour de la vente et du marketing incluses ;
- Cegid pour les PME et ETI qui cherchent un logiciel comptabilité très complet avec de nombreux modules complémentaires.
Notre sélection des 15 meilleurs logiciels de comptabilité en ligne
Nous privilégions la qualité des analyses à la quantité. Les logiciels de comptabilité en ligne les plus utilisés sont d’abord étudiés et nous complétons régulièrement notre comparatif avec de nouvelles analyses. Nous essayons au maximum d’inclure des logiciels différents pour répondre aux besoins de tous les profils d’entrepreneurs.
1. Pennylane, le logiciel de comptabilité le plus complet
Pennylane est le logiciel de comptabilité en ligne que nous recommandons le plus et le leader du marché de la comptabilité en France. La startup française propose un logiciel complet qui plait aussi bien aux entrepreneurs qu’aux experts-comptables.
Design, fonctionnalités, service client, intégration… Tout y est ! Le logiciel s’adresse aussi bien aux TPE qu’aux PME qu’elles soient indépendants, startups, restaurateurs ou e-commerçants. Pennylane se transforme de plus en plus en plateforme de gestion financière avec son offre compte pro.
Si vous cherchez le meilleur logiciel de comptabilité en ligne, nous ne pouvons que vous recommander Pennylane.
Note Tool Advisor | Pour qui ? | Prix (à partir de) |
---|---|---|
9,5 | Les TPE et PME | À partir de 14€/mois |
2. Indy, le logiciel de comptabilité pour les indépendants et les TPE
Indy est « l’autre » startup leader de la comptabilité en ligne quoique très différente de Pennylane. Le logiciel de comptabilité en ligne Indy automatise la comptabilité des TPE (microentrepreneurs, indépendants, professionnels libéraux et des petites entreprises) et facilite les déclarations (liasse fiscale, TVA, 2042-C-Pro) grâce à un logiciel simple d’utilisation, intuitif et un excellent support client.
Indy est plus un « remplaçant » des experts-comptables en ligne (sans conseils puisqu’Indy n’est pas un expert-comptable) qui conviendra aux entreprises cherchant un logiciel simple avec un excellent rapport qualité-prix. L’offre gratuite d’Indy avec logiciel de facturation et compte pro a beaucoup de succès.
Ce qu’on aime bien chez Indy :
- Le design et la simplicité d’utilisation ;
- Les télé-déclarations automatisées ;
- Le rapport coût du logiciel/gain de temps ;
- L’application mobile ;
- La réactivité et l’efficacité du support.
Note Tool Advisor | Pour qui ? | Prix (à partir de) |
---|---|---|
9,5 | Les TPE, indépendants, microentreprenurs et SCI | À partir de 0€/mois |
3. Abby, le logiciel de comptabilité pour les microentrepreneurs
À l’instar de Pennylane, Abby s’est rapidement imposé comme le leader du marché sur son segment : les microentrepreneurs. C’est le logiciel de comptabilité que nous recommandons le plus pour ce profil grâce à un logiciel très bien pensé et de nombreuses fonctionnalités :
- Édition de devis et facture ;
- Déclaration ;
- Comptabilité ;
- Pilotage ;
- Compatible API tiers de prestation.
Le logiciel de comptabilité évolue très vite et propose régulièrement de nouvelles fonctionnalités. Cerise sur le gâteau : une satisfaction client largement au-dessus de la moyenne. Attention tout de même, il faudra vous passer d’Abby si vous transformez votre microentreprise en société.
Note Tool Advisor | Pour qui ? | Prix (à partir de) |
---|---|---|
9,1 | Les microentrepreneurs | À partir de 0€HT/mois |
4. Sellsy, le logiciel de gestion spécialiste de la facturation et de la pré-comptabilité
Sellsy est un CRM/ERP français avec des modules facturation, pré-comptabilité et trésorerie.
Le module de facturation/comptabilité seul de Sellsy est cher mais il est très intéressant avec l’offre tout-en-un du CRM. On le conseille donc seulement si vous cherchez un logiciel de gestion avec CRM, pré-comptabilité et facturation.
Sellsy n’est pas un logiciel de comptabilité (comme Pennylane, Cegid ou Sage) mais un logiciel de pré-comptabilité comme ses concurrents directs Axonaut ou Evoliz.
Ce qu’on aime chez Sellsy :
- L’accompagnement des équipes du logiciel pour vous aider à paramétrer Sellsy (assez rare sur le marche) ;
- La simplicité d’utilisation ;
- Les intégrations.
Historiquement, Sellsy a démarré par la facturation et la pré-comptabilité qui sont restés ses points forts même avec l’ajout de briques CRM, marketing et trésorerie (suite au rachat de RocketChart).
Note Tool Advisor | Pour qui ? | Prix (à partir de) |
---|---|---|
9,1 | Les TPE et PME | À partir de 47€HT/mois |
5. Cegid, l’acteur historique de la comptabilité
Cegid est un des logiciels de comptabilité les plus utilisés du marché. Loin des startups spécialisées, le logiciel est pourtant un des leaders du marché. Le logiciel s’adresse aux TPE et surtout aux PME qui ont besoin d’un ERP complet puisque le logiciel va bien au-delà de la comptabilité :
- Devis et factures ;
- Paie ;
- Comptabilité ;
- Ventes ;
- RH.
On a un peu plus de mal à recommander Cegid car il souffre de la comparaison avec certains acteurs plus récents notamment sur la facilité d’utilisation mais Cegid reste incontournable : ok, ce n’est pas le logiciel le plus facile d’utilisation et le support client est parfois aux fraises mais ils couvrent tous les besoins des PME ce qui le rend incontournable.
Cegid développe de plus en plus d’offres et de modules à destination des TPE, ce qui peut être intéressant pour les entreprises en forte croissance.
Note Tool Advisor | Pour qui ? | Prix (à partir de) |
---|---|---|
8,1 | Tous les professionnels | Sur devis |
6. Sage, le logiciel de comptabilité venu du UK
Sage est une des références des logiciels comptables. L’entreprise propose des différentes solutions à destination de tous les segments du marché.
À l’image de son concurrent direct Cegid, Sage est complet avec un logiciel taillé pour les PME même si ses offres à destination des TPE peuvent être intéressante. Le logiciel est légèrement moins complet que Cegid mais avec un meilleur design et un meilleur support.
Note Tool Advisor | Pour qui ? | Prix (à partir de) |
---|---|---|
9 | Tous les professionnels | À partir de 40€HT/mois |
7. Evoliz, le logiciel de pré-comptabilité et de gestion français
Evoliz est un logiciel de facturation, gestion et comptabilité français. Très complet, le logiciel est une véritable « boîte à outils » avec différents modules : facturation, comptabilité, gestion commerciale, gestion fournisseur et pilotage.
Le logiciel s’adresse aux dirigeants de TPE/PME et cabinet d’expertise-comptable et se différencie avec de nombreuses possibilités de personnalisation et ses certification NF203 et NF525.
Le logiciel se distingue par sa facilité d’utilisation, il est accessible aux néo-entrepreneurs et son service client plus réactif et efficace que la moyenne. Vous vous sentez accompagné et les équipes d’Evoliz répondent rapidement à toutes les demandes.
Note Tool Advisor | Pour qui ? | Prix (à partir de) |
---|---|---|
9,1 | Les TPE | À partir de 20€HT/mois |
8. Axonaut, le logiciel de gestion pour les TPE et PME
Sur le même segment « logiciel tout-en-un » que Sellsy et Evoliz, Axonaut est mieux noté sur la partie CRM dans notre analyse et propose plus de fonctionnalités.
Le logiciel est plus polyvalent selon nous et répond aussi bien aux besoins des TPE et PME en couvrant l’ensemble des besoins des petites et moyennes entreprises :
- Édition de devis et facture ;
- Facturation récurrentes ;
- CRM ;
- Facture électronique ;
- Gestion des achats/des dépenses ;
- Notes de frais ;
- Pré-comptabilité ;
- Ressources humaines ;
- Ticketing ;
- Gestion de projet.
Axonaut propose aussi des modules marketing et gestion des stocks mais ils sont plutôt limités. Sur la partie pré-comptabilité, Axonaut est évidemment moins complet que des logiciels spécialisés mais c’est un excellent outil tout-en-un que nous recommandons régulièrement à nos visiteurs qui recherchent la simplicité d’utilisation et les nombreuses fonctionnalités.
Note Tool Advisor | Pour qui ? | Prix (à partir de) |
---|---|---|
8,7 | Les TPE et PME | À partir de 69,99€HT/mois |
9. Macompta, le logiciel de comptabilité avec les prix les plus compétitifs
Difficile de faire moins cher que Macompta avec des prix qui démarrent à 7€HT/mois sur la facturation et 15,90€HTmois/sur la comptabilité. Le logiciel est pensé pour rendre la comptabilité accessible aux novices. Le logiciel est donc très simple d’utilisation avec différents modules :
- Facturation ;
- Comptabilité ;
- Immobilisation ;
- Paie ;
- Tableau de bord.
Contrairement aux logiciels de pré-comptabilité, Macompta permet d’aller jusqu’au bilan et à la liasse fiscale et permet aux professionnels de gérer leur comptabilité de A à Z en toute autonomie. Léger bémol : le design. Le logiciel souffre de la comparaison avec ses concurrents.
Note Tool Advisor | Pour qui ? | Prix (à partir de) |
---|---|---|
9,1 | Tous les professionnels | À partir de 15,90€HT/mois |
10. Freebe, le logiciel de comptabilité pour les freelances en microentreprise
Chez Tool Advisor, on aime les logiciels hyper-spécialisés. On est servi avec Freebe qui est un logiciel de gestion à destination des freelances et des freelances en microentreprise uniquement. Le logiciel est pensé pour ce profil et il concurrence directement un logiciel plus polyvalent comme Abby sur ce segment. Il suffit de regarder les fonctionnalités, en plus de la comptabilité simplifiée pour les microentrepreneurs, Freebe propose :
- Le suivi de vos temps ;
- La synchronisation bancaire ;
- Un tableau de bord complet ;
- La déclaration de votre chiffre d’affaires ;
- Les paiements directement depuis Freebe ;
- Une application mobile.
Ajoutez à ces fonctionnalités la qualité du support client et des prix très compétitifs, Freebe est à ajouter dans votre benchmark si vous êtes freelance.
Note Tool Advisor | Pour qui ? | Prix (à partir de) |
---|---|---|
9,1 | Les freelances et solopreneurs en microentreprise | À partir de 15€HT/mois |
11. Superindep, l’assistant administratif des microentrepreneurs
Difficile de décrire Superindep tant il se situe à la croisée de plusieurs thématiques : la facturation, la comptabilité et la gestion. Superindep cible uniquement les microentrepreneurs. Le logiciel permet d’automatiser vos déclarations et surtout (son point fort) de détecter automatiquement vos erreurs en se synchronisant à votre URSSAF et votre SIE, une offre unique sur le marché.
Superindep propose également un logiciel de facturation gratuit (et très simple).
L’autre point fort de Superindep est son accompagnement par des spécialistes de la microentreprise. C’est simple : ils répondent à toutes vos questions pour vous éviter les erreurs et les mauvais choix. À l’heure du « tout logiciel », c’est une offre qui intéressera de nombreux microentrepreneurs en quête d’accompagnement.
Note Tool Advisor | Pour qui ? | Prix (à partir de) |
---|---|---|
8,4 | Les microentrepreneurs | À partir de 19€HT/mois |
12. iPaidThat, le logiciel de pré-comptabilité qui collecte automatiquement vos factures
iPaidThat est un logiciel de gestion financière et comptable. iPaidThat n’est pas, au sens strict, un logiciel de comptabilité mais plutôt un logiciel de pré-comptabilité. L’outil automatise et fluidifie la collecte des factures, le paiement, la gestion de trésorerie et les notes de frais grâce à sa technologie OCR (reconnaissance optique de caractère).
Le logiciel est d’ailleurs souvent utilisé en complément des logiciels de comptabilité. Il permet aux TPE, PME, startups et DAF de gagner du temps dans la collecte et le traitement de leur factures en mettant l’accent sur l’automatisation.
Note Tool Advisor | Pour qui ? | Prix (à partir de) |
---|---|---|
8,7 | Les TPE et PME | À partir de 59€HT/mois |
13. Sinao, le logiciel de comptabilité polyvalent pour les TPE
Sinao est un logiciel de pré-comptabilité, il est très simple d’utilisation et s’articule autour de 5 modules : comptabilité, trésorerie, facturation, tableau de bord et dépenses. Sinao s’appuie également sur un service client remarquable.
Sur le positionnement, Sinao est assez proche d’Evoliz dont nous vous parlions il y a quelques minutes. Le logiciel mise sur la simplicité d’utilisation pour séduire les entrepreneurs qui ne sont pas forcément à l’aise avec le digital. Le logiciel de comptabilité propose un bon rapport qualité-prix et, là encore, le support client est régulièrement mis en avant parmi les points forts du logiciels par ses clients.
Note Tool Advisor | Pour qui ? | Prix (à partir de) |
---|---|---|
8,6 | Les TPE. | À partir de 14,40€HT/mois |
14. Itool, le logiciel de comptabilité d’EBP
Itool by EBP est un logiciel français de comptabilité et facturation. Racheté en 2006 par l’éditeur de logiciel EBP, le logiciel s’adresse aux TPE/PME avec un logiciel complet : comptabilité, facturation, gestion et commercial.
Malheureusement nous le recommandons assez peu pour plusieurs raisons :
- Le logiciel évolue peu ;
- Le design est daté ;
- Le support client imparfait.
Le logiciel souffre de la comparaison avec ses concurrents qui évoluent beaucoup plus vite et sont plus fort sur la facilité d’utilisation.
Note Tool Advisor | Pour qui ? | Prix (à partir de) |
---|---|---|
7,9 | Tous les professionnels | Sur devis |
15. Zefyr, le logiciel de comptabilité « mini-ERP »
Zefyr est un logiciel comptable très complet et simple d’utilisation. Le logiciel peut être qualifié de « mini-ERP » tant il peut répondre à de nombreux besoins : comptabilité, facturation, note de frais, CRM, paie, liasse fiscale, gestions des stocks et gestion de projet.
Malheureusement, à l’image d’Itool, Zefyr souffre de la comparaison avec des concurrents comme Macompta, Pennylane, Cegid ou Sage et nous le recommandons peu à nos visiteurs.
Note Tool Advisor | Pour qui ? | Prix (à partir de) |
---|---|---|
7,5 | Tous les professionnels | À partir de 14€HT/mois |
Comparatif détaillé des logiciels de comptabilité en 2025
Notre objectif est simple : vous aider à faire le bon choix grâce à nos conseils et une analyse détaillée et indépendante des différents logiciels comptables.
Nous mettons tous les éléments en notre possession à votre disposition dans ce comparatif pour vous aider à faire votre choix.
Analyser, comparer, tester et échanger avec les utilisateurs prend du temps. Il existe d’autres logiciels qui ne sont pas encore présents dans notre comparatif mais qui méritent d’être mentionnées. On pense notamment à EBP, Odoo, Ciel ou Tiime. Il existe plus de 200 logiciels de comptabilité, nous n’avons analysé que les meilleurs, les plus utilisés et ceux qui répondent aux besoins de nos lecteurs.
Nous ne parlerons pas non plus des logiciels à destination experts-comptables uniquement (Quadratus, ACD, Queoval ou Silae pour la gestion sociale) même si certains comme Sage, Cegid ou Pennylane parlent à la fois aux entrepreneurs et aux cabinets d’expertise-comptable.
Quelles sont les fonctionnalités d’un logiciel de comptabilité ?
Les logiciels de comptabilité en ligne ne se limitent pas à la tenue de la comptabilité :
- Logiciel de devis et facturation (c’est pour cette raison que de nombreux logiciels sont aussi présents dans la catégorie facturation sur Tool Advisor) ;
- Gestion des factures d’achat ;
- Création ou import du plan comptable adapté à votre activité ;
- Tenue de la comptabilité (saisie comptable) ;
- Gestion des notes de frais ;
- Gestion de la TVA et des déclarations ;
- Suivi et relances des paiements ;
- Suivi de la trésorerie (par saisie manuelle, synchronisation bancaire ou des imports) ;
- Gestion des stocks ;
- Gestion des immobilisations ;
- Export du fichier des écritures comptables (FEC) ;
- Accès expert-comptable.
Pour aller dans le détail des fonctionnalités, chaque logiciel présenté dans notre tableau comparatif a sa fiche détaillé. Nous y indiquons notamment si le logiciel propose l’édition de la balance, du grand-livre, du compte de résultat et du bilan ainsi que les fonctionnalités qui font la différence.
Quels sont les profils de clients des logiciels de comptabilité ?
Pour vous aider à choisir la solution de comptabilité qui vous correspond, la première étape est de regarder à qui s’adressent les différents acteurs du marché. Certains ciblent de nombreux profils mais nous vous indiquons ici le profil principal des clients pour chaque logiciel.
Nous avons séparé en 3 grandes catégories les profils de clients :
- Micro-entrepreneur : les obligations comptables sont moins importantes et peuvent être automatisées plus facilement.
- TPE : les outils à destination des TPE proposent de nombreuses fonctionnalités tout en restant flexible et facile d’utilisation.
- PME : les logiciels de comptabilité pour les PME sont souvent plus complexes et nécessitent un téléchargement (a contrario des logiciels de comptabilité en ligne disponible depuis votre navigateur). Ils vous permettront de gérer une comptabilité beaucoup plus poussée et complète.
Microentrepreneur | TPE | PME | Type de logiciel | |
---|---|---|---|---|
Pennylane | ❌ | ✅ | ✅ | Logiciel de comptabilité |
Indy | ✅ | ✅ | ❌ | Logiciel de comptabilité |
Abby | ✅ | ❌ | ❌ | Logiciel de comptabilité pour microentrepreneurs |
Sellsy | ❌ | ✅ | ✅ | Logiciel de pré-comptabilité |
Cegid | ✅ | ✅ | ✅ | Logiciel de comptabilité |
Sage | ✅ | ✅ | ✅ | Logiciel de comptabilité |
Evoliz | ❌ | ✅ | ✅ | Logiciel de pré-comptabilité |
Axonaut | ❌ | ✅ | ✅ | Logiciel de pré-comptabilité |
Macompta | ✅ | ✅ | ❌ | Logiciel de comptabilité |
Freebe | ✅ | ❌ | ❌ | Logiciel de comptabilité pour microentrepreneurs |
Superindep | ✅ | ❌ | ❌ | Logiciel de pré-comptabilité |
iPaidThat | ❌ | ✅ | ✅ | Logiciel de pré-comptabilité |
Sinao | ❌ | ✅ | ❌ | Logiciel de pré-comptabilité |
Itool by EBP | ❌ | ✅ | ✅ | Logiciel de comptabilité |
Zefyr | ✅ | ✅ | ✅ | Logiciel de comptabilité |
À nouveau, il n’est pas impossible de choisir un logiciel orienté pour les TPE lorsque vous êtes un microentrepreneur, ce tableau vous permet de segmenter les différentes offres du marché sans être restrictif. Pour avancer dans le choix de votre logiciel de gestion comptable, nous allons vous parler d’un critère souvent prépondérant pour les entrepreneurs : le prix.
Quels sont les prix des logiciels de comptabilité ?
Le nerf de la guerre pour la plupart des entrepreneurs. Chez Tool Advisor, un de nos principaux conseils est d’encourager les entrepreneurs et décideurs à aller au-delà du prix pour choisir la solution qui leur correspond. Faites la liste de vos besoins principaux et secondaires, comparez les fonctionnalités proposées par les logiciels et arbitrez ensuite.
Nous indiquons ici le prix de l’abonnement « à partir de » qui est souvent un prix d’appel pour lequel il faudra ajouter quelques euros pour disposer de l’ensemble des fonctionnalités. Nous indiquons également la présence ou non d’une offre d’essai.
Essai gratuit | Prix version payante (à partir de) | |
---|---|---|
Pennylane | ❌ | 14€/mois |
Indy | ✅ | 16€/mois |
Abby | ✅ | 11€/mois |
Sellsy | ✅ | 47€/mois |
Cegid | ✅ | Sur devis |
Sage | ✅ | 40€/mois |
Evoliz | ✅ | 20€/mois |
Axonaut | ✅ | 69,99€/mois |
Macompta | ✅ | 15,90€/mois |
Freebe | ✅ | 15€/mois |
Superindep | ❌ | 19€/mois |
iPaidThat | ✅ | 59€/mois |
Sinao | ✅ | 14,40€/mois |
Itool by EBP | ✅ | Sur devis |
Zefyr | ✅ | 14€/mois |
Disclaimer : la comparaison des prix n’est pas assez réprésentative selon nous. On compare parfois des choux et des carottes tant les logiciels sont différents et certains logiciels sont incroyablement bon pour sortir une première version à un prix très compétitifs et augmenter ensuite fortement sur les abonnements plus élevés.
Nous vous conseillons vivement de tester l’essai gratuit lorsque cela est possible. Les outils sont faciles à prendre en main et vous découvrirez vite si les fonctionnalités et le design vous convient.
Quelles sont les fonctionnalités des logiciels de comptabilité ?
Pour la partie fonctionnalité nous analysons 3 critères :
- Logiciel de facturation ;
- Application mobile ;
- Synchronisation bancaire.
Ce tableau vous permettra de segmenter les offres qui vous correspondent grâce aux deux derniers critères. Êtes-vous en comptabilité de trésorerie (fonctionnant sur vos flux bancaires) ou en comptabilité d’engagement (fonctionnant sur vos factures). Le système de comptabilité dépend souvent du régime d’imposition.
Notre conseil : si vous avez un expert-comptable, demandez-lui s’il vous conseil un outil en particulier, ce dernier à un devoir de conseil. Si vous n’êtes pas sûr de vous, il sera le plus à même de vous répondre.
Facturation | Notes de frais | Gestion de stocks et immobilisations | |
---|---|---|---|
Pennylane | ✅ | ✅ | ✅ |
Indy | ✅ | ✅ | ✅ |
Abby | ✅ | ❌ | ❌ |
Sellsy | ✅ | ✅ | ✅ |
Cegid | ✅ | ✅ | ✅ |
Sage | ✅ | ✅ | ✅ |
Evoliz | ✅ | ✅ | ✅ |
Axonaut | ✅ | ✅ | ✅ |
Macompta | ✅ | ✅ | ✅ |
Freebe | ✅ | ❌ | ❌ |
Superindep | ✅ | ❌ | ❌ |
iPaidThat | ✅ | ✅ | ✅ |
Sinao | ✅ | ✅ | ✅ |
Itool by EBP | ✅ | ✅ | ✅ |
Zefyr | ✅ | ✅ | ✅ |
Logiciel de comptabilité : nos recommandations
Si vous vous demandez quel est le meilleur ou quels sont les meilleurs logiciels de comptabilité, nous vous ferons toujours la même réponse : le meilleur logiciel de comptabilité n’existe pas.
Vous devez choisir celui qui vous correspond en fonction de vos besoins, votre budget, votre profil, votre activité et les fonctionnalités dont vous avez besoin.
Pour vous aider, voici nos recommandations en fonction de votre profil :
✅ Pennylane pour les professionnels qui cherchent la solution la plus complète, il s’agit du meilleur logiciel du marché selon nous avec un excellent équilibre entre facilité d’utilisation et nombreuses fonctionnalités ;
✅ Indy est le deuxième logiciel que nous recommandons le plus mais dans un tout autre registre, il ne conviendra qu’au TPE sans salariés qui ont besoin d’automatiser leur comptabilité.
✅ Cegid pour les professionnels qui cherchent un ERP ;
✅ Abby pour les microentrepreneurs qui veulent automatiser leur comptabilité simplifiée ;
✅ Superindep pour les microentrepreneurs qui veulent être accompagnés ;
✅ Axonaut ou Evoliz pour les professionnels qui cherchent un logiciel de pré-comptabilité complet.
Si vous vous demandez pourquoi nous ne recommandons pas/plus Quickbooks, la raison est simple : nous avons enlevé le logiciel suite à la fermeture de sa version française.
N’hésitez pas à profiter des essais gratuits pour être sûr que le logiciel correspond à vos besoins et vos attentes.
Comparatif logiciel de comptabilité 2025 : le récap’
Score Tool Advisor | Prix version payante (à partir de) | |
---|---|---|
Pennylane | 9,5/10 | 14€/mois |
Indy | 9,5/10 | 16€/mois |
Abby | 9,1/10 | 11€/mois |
Sellsy | 9,1/10 | 47€/mois |
Cegid | 8,1/10 | 16,95€/mois |
Sage | 9/10 | 40€/mois |
Evoliz | 9,1/10 | 15€/mois |
Axonaut | 8,7/10 | 69,99€/mois |
Macompta | 9,1/10 | 7€/mois |
Freebe | 9,1/10 | 15€/mois |
Superindep | 9,1/10 | 19€/mois |
iPaidThat | 9,1/10 | 57€/mois |
Sinao | 9,1/10 | 14,40€/mois |
Itool by EBP | 9,1/10 | 19€/mois |
Zefyr | 9,1/10 | 10€/mois |
Quelles sont les alternatives aux logiciels de comptabilité en ligne ?
Si vous n’avez pas trouvé votre bonheur parmi notre sélection des 15 meilleurs logiciels de comptabilité en ligne, sachez qu’il existe des alternatives.
Pour les microentrepreneurs, la plus simple et celle que nous recommandons le moins consiste à utiliser un facturier papier, un modèle de facture ou un outil comme Word ou Excel mais les risques d’erreurs sont plus importants. Vous devrez également faire vous-même votre veille réglementaire plutôt que de bénéficier des mises à jour automatique des logiciels.
Nous vous conseillons plutôt de regarder du côté de votre expert-comptable. Si vous passez par un expert comptable en ligne, un logiciel de comptabilité relié à leur logiciel comptable est souvent compris dans l’abonnement. Sachez que presque la moitié du marché utilisent le logiciel Pennylane. Les experts-comptables de proximité peuvent aussi vous proposer un outil compris dans votre lettre de mission comptable.
Comment choisir son logiciel de comptabilité en ligne ?
Dans cette dernière partie, nous vous donnons nos conseils pour optimiser votre recherche. Pour cela, il vous suffit de suivre un processus rigoureux en vous posant les bonnes questions.
Quel est votre profil ?
Si vous êtes un microentrepreneur, un professionnel libéral ou un dirigeant de société, en comptabilité de trésorerie ou d’engagement, vous n’aurez pas besoin du même logiciel pour tenir votre comptabilité, nous recommandons d’ailleurs des outils totalement différents en fonction de votre profil comme vous pouvez le voir dans la partie recommandation.
Les logiciels de comptabilité en ligne pour les microentrepreneurs permettent de :
- Gérer l’envoi de vos devis et factures ;
- Affecter vos données bancaires et les transformer en données comptables ;
- Suivre votre trésorerie ;
- Générer votre livre de recettes et dépenses ;
- Automatiser certaines tâches (relances des impayés, alertes, notifications) ;
- Transmettre vos déclarations à l’administration fiscale.
Les logiciels de comptabilité en ligne pour les sociétés permettent de :
- Effectuer votre saisie comptable ;
- Produire les éléments comptables obligatoires (journaux, grand livre, bilan, compte de résultat, annexe) ;
- Produire et exporter un Fichier des Écritures Comptables (FEC) ;
- Gérer vos immobilisations et stocks, votre TVA, vos notes de frais et vos justificatifs ;
- Donner un accès à votre expert-comptable ;
- Gérer vos fournisseurs ;
- Bénéficier de tableau de bord de comptabilité analytique avec une actualisation en temps réel pour analyser vos performances et vos indicateurs.
Le logiciel de compta qui vous correspond dépend aussi de la taille de votre entreprise et donc de vos besoins qui évoluent en même temps que votre croissance.
Avez-vous besoin d’un logiciel de précomptabilité ou d’un logiciel de comptabilité ?
On vous a perdu ? C’est normal. Derrière le terme logiciel de comptabilité se cachent en réalité des logiciels très différents. Il y a tout d’abord les logiciels de comptabilité qui vous permettent d’aller jusqu’à la déclaration de votre liasse fiscale comme macompta.fr, Zefyr ou Indy. Il y a ensuite les logiciels de comptabilité qui permettent à votre cabinet de ne pas devoir exporter vos données pour faire votre bilan, on pense notamment à Cegid, Sage ou Pennylane.
Troisième catégorie, les outils de précomptabilité, présents en nombre dans notre comparatif, ce sont tous les logiciels qui devront être connectés au logiciel de production comptable de votre cabinet comme iPaidThat, Sinao ou Evoliz.
Nous n’avons pas oublié les microentrepreneurs dans notre analyse puisque trois logiciels (Abby, Freebe et Superindep), s’adressent uniquement aux microentrepreneurs dont la comptabilité est très différente de celle des sociétés.
Enfin, certains logiciels de comptabilité sont très proches des ERP ou des progiciels et vous permettent de gérer beaucoup plus que votre comptabilité.
Lors de votre recherche, vous pourrez aussi trouver des logiciels de comptabilité spécialisés sur un segment comme la gestion des paiements ou le suivi de la trésorerie.
Quelles fonctionnalités sont indispensables pour vous ?
Devant le nombre de logiciels qui existent, il faut vous organiser. Vous devez arbitrer entre les fonctionnalités indispensables et les fonctionnalités secondaires en vous posant une série de questions :
- Avez-vous besoin d’un logiciel de facturation intégré ?
- Avez-vous besoin d’un outil de gestion de stocks ?
- Souhaitez-vous avoir un outil de gestion de trésorerie ?
- Avez-vous besoin d’une application mobile ?
- Votre outil de gestion doit-il être collaboratif ? Combien de personnes l’utiliseront ?
- Votre logiciel doit-il proposer un outil de stockage de vos documents comptables ?
Mobilisez toutes les personnes concernées par le choix du logiciel (y compris votre expert-comptable si besoin) pour ne sélectionner que ceux qui correspondent à votre besoin.
Avez-vous besoin d’intégrer votre outil de comptabilité avec d’autres logiciels ?
Nous observons régulièrement des entrepreneurs qui préfèrent gérer leur entreprise avec de nombreux logiciels plutôt qu’avec un logiciel global. Chez Tool Advisor, nous conseillons à nos utilisateurs de choisir des logiciels spécialisés plutôt que des logiciels qui proposent de tout gérer au risque de devenir une usine à gaz. Il y a évidemment des exceptions à ce principe.
Cependant, les logiciels de comptabilité s’intègrent souvent avec de nombreux logiciels de gestion sur les thématiques suivantes :
- Gestion des notes de frais ;
- Gestion de la trésorerie ;
- Paiement des fournisseurs ;
- Comptabilité analytique / data visualisation ;
- Facturation.
Avant de vous décider, vérifiez que les intégrations avec d’autres outils sont possibles et que l’association se fait facilement.
Choisir le meilleur logiciel de comptabilité pour vous prend du temps. C’est pour cette raison que nous avons créé Tool Advisor. En plus de ce comparatif, nous mettons à votre disposition un questionnaire rapide qui vous oriente vers le logiciel qui vous correspond en moins de 2 minutes.
Pour en savoir plus :
👉 Nos 7 conseils pour choisir le logiciel de comptabilité qui vous correspond
FAQ – Questions fréquentes sur les logiciels de comptabilité
Quel est le meilleur logiciel de comptabilité ?
Le meilleur logiciel de comptabilité n’existe pas. Vous devez cherchez le logiciel de comptabilité en ligne qui correspond à votre profil et votre besoin. Les logiciels que nous recommandons le plus sont Pennylane, Indy et Cegid mais nous vous conseillons de prendre le temps de bien comparer les différents logiciels.
Quel est le meilleur logiciel de comptabilité gratuit ?
Pour les logiciels de comptabilité gratuits, notre recommandations est plus simple : nous vous conseillons Indy, Abby ou Odoo. Les autres logiciels de comptabilité gratuits seront trop limités.
Quel est le logiciel de comptabilité le moins cher ?
Vous êtes nombreux à chercher un « logiciel de comptabilité pas cher ». Le soucis c’est que les logiciels de comptabilité les moins chers sont des logiciels de facturation à destination des micro-entrepreneurs. Parmi les « vrais » logiciels de comptabilité, les moins chers sont : MaCompta, Indy et Pennylane.
Le logiciel de comptabilité est-il obligatoire ?
Le logiciel de comptabilité n’est pas obligatoire mais fortement conseillé. Le prix d’un logiciel de comptabilité en ligne sera rapidement compensé par le temps gagné sur le traitement de votre comptabilité.