Les 10 meilleurs logiciels de comptabilité pour PME en 2025
Juliette Lécureuil – mis à jour le 05/02/2025
Le logiciel de comptabilité pour PME est un indispensable quand on rentre dans la catégorie des petites et moyennes entreprises.
Si c’est votre cas, cet article est fait pour vous : on y liste les outils qui nous semblent les plus adaptés à votre taille d’entreprise, et on vous donne tous nos conseils pour bien choisir le vôtre. Pour le reste, c’est à vous de jouer !
En bref :
Si vous avez la flemme de parcourir notre article, voici nos recommandations ❤️ :
- Pennylane pour les TPE qui cherchent le logiciel de comptabilité le plus complet ;
- Cegid pour les PME et ETI qui cherchent un logiciel comptabilité très complet avec de nombreux modules complémentaires ;
- Sellsy ou Axonaut pour les TPE et PME à la recherche d’un logiciel de gestion français avec un bon module de pré-comptabilité et des fonctionnalités autour de la vente et du marketing incluses.
Sommaire :
Notre sélection de 10 logiciels de comptabilité pour PME
Quelles sont les fonctionnalités d’un logiciel de comptabilité pour PME ?
Quels sont les prix d’un logiciel de comptabilité pour PME ?
Choisir le logiciel de comptabilité qui vous correspond, mode d’emploi
Notre sélection de 10 logiciels de comptabilité pour PME
Pennylane, le logiciel de comptabilité que nous recommandons le plus pour les PME
Pennylane n’est pas un simple logiciel de compta : c’est l’outil que nous recommandons le plus sur Tool Advisor. Pourquoi ? Pour son aspect “tout-en-un” qui en fait objectivement le logiciel de comptabilité pour PME le plus complet du marché.
Fonctionnalités très poussées, évolutions rapides et régulières, nombreuses intégrations… La solution a beaucoup d’atouts. En revanche, ses tarifs figurent dans la fourchette haute du marché, et l’absence d’offre d’essai ou de version gratuite peut freiner.
Quant à la partie expertise-comptable – qui peut se révéler fort utile pour les dirigeants de PME qui ont besoin de conseils pour optimiser leur gestion financière –, il faut souligner qu’elle est externalisée.
Sage, l’un des leaders de la comptabilité pour les PME
Parmi les outils de comptabilité pour les PME les plus adaptés, on trouve aussi Sage. L’éditeur britannique propose plusieurs logiciels et un ERP, ce qui lui permet de s’adresser à tous les segments du marché, PME incluses.
Pour ces dernières, on conseille de regarder soit du côté de Sage Compta et Facturation, soit du côté de Sage 50cloud/100 cloud (en fonction de la taille de la PME et des fonctionnalités souhaitées). Petit bémol : le service client, difficilement joignable.
Cegid, l’acteur historique de la comptabilité des PME
Autre logiciel de compta pour les PME : Cegid, un éditeur français à l’origine de nombreuses solutions, aussi bien pour la comptabilité et la gestion que pour la paye, la finance, la fiscalité et les RH.
Sur la partie expert comptable en ligne, Quadra Entreprise convient bien aux PME car il s’adresse aux sociétés entre 11 et 49 salariés, et est doté de nombreuses fonctionnalités. Seul problème ? Le manque de transparence ne permet pas de les analyser en profondeur.
MaCompta, le logiciel de comptabilité le moins cher
Un problème qui ne concerne pas MaCompta, logiciel de gestion pour les PME 100 % made in France… Et donc, avec un support (réactif) en Français ! Au-delà de cet avantage – non négligeable pour certaines entreprises –, son interface est facile à utiliser.
Il est également doté d’un bon nombre de fonctionnalités essentielles, et conviendra par conséquent aux PME en quête d’un outil un peu plus évolué qu’un simple logiciel de facturation.
En revanche, il ne suffira pas aux entreprises avec des besoins en gestion des stocks, puisqu’il ne comporte pas de module dédié.
iTool, le logiciel de comptabilité français pour les « petites » PME
Autre Français dans la liste des outils de comptabilité pour les PME : iTool, un logiciel conçu pour permettre aux TPE et PME de gérer tout à la fois leur comptabilité, leur facturation et leur volet commercial.
Les forces d’iTool ? Son vaste panel de fonctionnalités et sa facilité d’utilisation… À condition d’avoir quelques connaissances en comptabilité. On déplore néanmoins son manque d’automatisation et ses possibilités d’intégration limitées.
Evoliz, le logiciel de pré-comptabilité pour les PME
Du côté d’Evoliz , on retrouve les qualités essentielles à un bon logiciel de compta pour les PME, avec une grande facilité d’utilisation, beaucoup de fonctionnalités (que ce soit en gestion ou en comptabilité), et la possibilité de largement personnaliser.
La double certification (NF525 et NF203) est un point rassurant : c’est la preuve que l’outil se soumet chaque année à un audit pour garantir à ses utilisateurs de facturer en toute légalité – un aspect non négligeable pour un dirigeant de PME.
En revanche, le temps qu’il faut dédier au paramétrage pour pouvoir bien démarrer peut paraître un peu long pour un SaaS, et les prix sont plutôt élevés par rapport à ceux de ses concurrents.
Axonaut, le logiciel de gestion français tout-en-un
Axonaut n’est pas simplement un logiciel de compta pour les PME, mais un ERP qui permet d’effectuer sa gestion client de la prospection à l’encaissement. Ses + ? Des fonctionnalités dédiées à la comptabilité plutôt complètes, un bon CRM et un service client réactif.
On regrette cependant qu’il n’y ait pas la possibilité de procéder à davantage d’intégrations, et que le module marketing ne soit pas plus développé, car il ne convient qu’aux PME avec des besoins très simples.
Sellsy, le logiciel de pré-comptabilité et facturation avec CRM
On conseille Sellsy dans la catégorie CRM, mais c’est un logiciel qui convient bien aux PME qui veulent pouvoir accéder à des fonctionnalités un peu plus poussées que la simple facturation, comme celles de trésorerie et de pré-comptabilité.
L’outil est facile à utiliser, bien conçu et doté d’un service client très disponible, mais il reste moins complet que des concurrents comme HubSpot ou Salesforce sur la partie CRM, et on ne peut se le procurer qu’au prix de certaines conditions tarifaires (un engagement annuel).
Sinao, le logiciel de pré-comptabilité qui mise sur la simplicité d’utilisation
Pour les dirigeants en quête d’un logiciel de comptabilité pour PME avec de nombreuses fonctionnalités, un design vraiment appréciable et une vraie simplicité d’utilisation, Sinao peut être une bonne option.
En réalité, on n’a pas grand-chose à dire sur la partie produit puisque l’outil a l’avantage d’être très intuitif et par conséquent facile à prendre en main, mais ses prix supérieurs à la moyenne peuvent représenter un frein pour les entreprises de taille moyenne.
iPaidThat, le logiciel de pré-comptabilité polyvalent
Dernier choix dans notre top liste, iPaidThat, un logiciel de pré-comptabilité très pratique pour automatiser et fluidifier la collecte des factures et leur paiement, mais aussi gérer sa trésorerie et ses notes de frais.
On le conseille aux PME pour ses fonctionnalités très abouties, son ergonomie et sa facilité d’utilisation… Mais il ne convient malheureusement pas à celles qui recherchent un “vrai” logiciel de comptabilité au sens strict.
Quelles sont les fonctionnalités d’un logiciel de comptabilité pour PME ?
Un logiciel de comptabilité pour PME doit être suffisamment complet pour gérer une entreprise de moins de 250 personnes, et dont le chiffre d’affaires n’excède pas 250 millions d’euros.
Pour cela, on estime qu’il faut au moins un logiciel doté des fonctionnalités suivantes :
- La tenue de comptabilité, ou saisie comptable, afin d’alimenter les états financiers de l’entreprise ;
- Un outil de facturation qui permette de personnaliser ses devis et ses factures ;
- Le module de suivi des dépenses pour enregistrer et catégoriser les dépenses de l’entreprise ;
- La gestion de la TVA et des différentes déclarations ;
- Une partie consacrée à la gestion des notes de frais pour faciliter la vie du dirigeant et de ses collaborateurs ;
- Si cela est nécessaire, un module lié à la gestion des stocks ;
- Le paiement des factures et la gestion des relances ;
- Un outil pour suivre sa trésorerie ;
- L’export du FEC (le fichier des écritures comptables) ;
- Mais aussi la possibilité de bénéficier du conseil d’un expert-comptable pour adresser les sujets particulièrement épineux.
Quels sont les prix d’un logiciel de comptabilité pour PME ?
Le prix d’un logiciel de comptabilité pour PME dépend de beaucoup de facteurs : il est notamment fonction des fonctionnalités offertes par ledit logiciel, de son ADN – quand il s’agit d’un CRM ou d’un ERP plus complet, ils sont plus élevés –, etc.
Chez Tool Advisor, on sait bien que l’aspect financier a énormément d’importance, et d’autant plus pour les dirigeants de PME. Mais ce que l’on conseille généralement, c’est de se pencher sur les fonctionnalités avant de regarder les tarifs…
Cela permet d’éviter de se retrouver avec un outil “bon marché”, qui ne convient pas. En matière de logiciel de gestion pour les PME, il y en a pour tous les budgets… Mais aussi, pour tous les goûts avec un éventail de fonctionnalités très différentes !
Choisir le logiciel de comptabilité qui vous correspond, mode d’emploi
Pour faire un choix – et le bon – parmi tous ces outils de comptabilité pour les PME, on vous conseille de suivre les étapes suivantes :
- D’abord, commencez par formaliser votre besoin à l’écrit : de quelles fonctionnalités allez-vous vous servir au quotidien ? Quels modules vous semblent indispensables au regard de la nature de votre activité ? Tout lister vous permettra d’être au clair ;
- Considérez les particularités de votre société, mais aussi les vôtres et celles de vos collaborateurs. Combien êtes-vous au total ? La langue anglaise fait-elle partie de la culture d’entreprise ? Les réponses vous aideront à affiner votre besoin ;
- Déterminez le budget que vous souhaitez investir – on l’a dit juste au-dessus : c’est le nerf de la guerre – pour vous équiper. Vous l’aurez compris : on ne place cette étape qu’en 3e position pour que vous fassiez passer votre besoin d’abord ;
- Retenez les logiciels dotés des fonctionnalités dont vous ne pouvez pas vous passer, et qui rentrent dans votre budget. En procédant ainsi, vous aurez normalement pas mal écrémé… Ne vous inquiétez pas, il y en a forcément un pour vous !
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