Les 6 meilleurs logiciels de comptabilité pour les startups

Juliette Lécureuil – mis à jour le 15/02/2025

Le logiciel de comptabilité pour startup, quand on est à la tête d’une entreprise innovante, c’est un peu le nerf de la guerre : quand on le choisit bien, il peut nous faire gagner un temps fou sur des tâches à faible valeur ajoutée…

Mais quand on fait le mauvais choix, on se retrouve vite à perdre du temps. Dans cet article, on vous donne notre liste des 6 meilleurs outils pour gérer votre startup.

logiciel de comptabilite startup

Pour le choix, c’est à vous de jouer !

Logiciel de comptabilité pour startup : notre top 6

Pennylane

pennylane startup

Étant donné qu’il s’agit du logiciel de comptabillité en ligne le plus conseillé sur Tool Advisor, il n’y a rien d’étonnant à ce que Pennylane fasse partie des meilleurs outils de comptabilité pour les startups. Ses avantages ? D’abord, il est très complet et fait l’objet de régulières évolutions. 

Ensuite, ses possibilités d’intégration sont nombreuses, et le niveau élevé de satisfaction client – même avec 100 000 clients – témoigne de l’efficacité de la solution, critère qui compte beaucoup pour les patrons de startup.

Côté “moins”, l’absence d’offre d’essai ou de version gratuite peut freiner, et les tarifs se situent plutôt dans la fourchette haute du marché. Quant à la partie expertise comptable, elle permet de bénéficier de conseil mais celui-ci est externalisé. 

Sage

sage startup

Parmi les classiques du logiciel de compta pour les startups, on compte aussi Sage, l’un des leaders mondiaux de l’édition de logiciels. L’entreprise britannique compte plus de 13.000 clients, et s’appuie sur diverses solutions pour adresser tous les segments du marché…

Et notamment les startups, qui trouveront dans Sage Compta et Facturation non seulement un logiciel de devis et facturation performant, mais aussi des fonctionnalités plus poussées comme la gestion des stocks

Si vous êtes à la tête d’une startup de plus de 250 salariés, on vous conseille plutôt de regarder du côté de Sage 50 ou 100cloud, qui vous permettra d’adresser des problématiques comme la comptabilité analytique ou la gestion des notes de frais.

Attention cependant si vous cherchez un service client irréprochable en matière de réactivité : ce n’est malheureusement pas chez Sage que vous le trouverez.

Cegid

cegid comptabilité startup

Autre éditeur à l’origine d’un bon logiciel de comptabilité pour startup : le Français Cegid, qui propose des solutions pour la gestion, la fiscalité, la comptabilité en ligne, les RH, la paye, la finance… De quoi combler beaucoup de besoins souvent exprimés par les startups !

Encore une fois, le meilleur outil pour votre entreprise dépendra de la taille de cette dernière. Mais a priori, c’est plutôt vers Quadra Entreprise (solution adaptée aux entreprises de 11 à 49 salariés) ou XRP Flex (50 à 500 salariés) qu’il faut vous tourner…

Et  pour une petite startup ? On conseille plutôt d’opter pour Cegid Devis Factures et Cegid Gestion Commerciale, deux outils plus basiques mais non moins complets, comme toutes les solutions Cegid.

Par contre si vous n’êtes pas à l’aise avec les outils informatiques, on vous encourage à passer votre chemin : d’après les retours clients, le service client peut être difficile à joindre, et il n’est pas toujours efficace une fois qu’on l’a joint. 

Sellsy

sellsy comptabilité startup

De manière générale, Sellsy est davantage mis en avant en tant que CRM qu’en tant que logiciel de compta pour les startups. Pourtant, ses nombreuses fonctionnalités et sa solution vraiment très simple d’utilisation en font un bon candidat…

D’autant plus si vous êtes en quête d’un outil qui remplit les deux fonctions ! Vous apprécierez son service client réactif et efficace (en Français, puisque la solution est née à La Rochelle), sa polyvalence et la palette d’intégrations possibles. 

Attention néanmoins : si vous en êtes vraiment à vos balbutiements, vous préférerez sans doute une autre solution (s’équiper de Sellsy impose de prendre obligatoirement deux licences), et si vous dépassez déjà les 250 salariés, vous vous sentirez vite limité. 

Axonaut

axonaut comptabilité

ERP français bénéficiant d’une très bonne réputation, Axonaut constitue également un bon logiciel de comptabilité pour startup. Pour un outil aussi complet, il reste très accessible et offre un service client de qualité, ce qui est appréciable quand on dirige une startup.

Devis et factures, comptabilité, trésorerie, gestion de projet, suivi des clients… Les fonctionnalités sont nombreuses et sont toutes incluses dans le pricing (Axonaut ne propose pas de modules à la carte). 

En revanche si vous souhaitez vous équiper d’un logiciel de gestion pour les startups qui permet beaucoup d’intégrations et d’un module marketing vraiment complet, vous aurez meilleur temps de regarder ailleurs

iPaidThat

ipaidthat compta

Dernier logiciel de comptabilité pour startup de notre petite sélection : iPaidThat, une solution extrêmement complète dont on observe les évolutions rapides, connue pour sa facilité d’utilisation et son design ergonomique et agréable. 

Il permet de gérer la comptabilité, la facturation et la gestion de sa startup grâce à de nombreuses fonctionnalités, et on l’apprécie d’autant plus qu’il met l’accent sur l’automatisation.

Comme il est plus développé qu’un logiciel de facturation, mais qu’on ne peut pas vraiment le qualifier de logiciel de comptabilité, on dirait que c’est un très bon logiciel de gestion, auquel on peut ajouter un module de gestion de trésorerie (attention, le prix est élevé).

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Quelles sont les fonctionnalités d’un logiciel de gestion pour les startups ?

Les fonctionnalités d’un logiciel de gestion pour les startups sont les suivantes

  • D’abord et avant tout (c’est le but), la saisie comptable ;
  • Un outil de devis et factures (indispensable) ;
  • Le suivi des dépenses ;
  • Le suivi du paiement des factures et des relances ;
  • La gestion (pour vos collaborateurs autant que pour vous-même) des notes de frais ;
  • La gestion de la TVA et des déclarations ;
  • Quand cela le nécessite, la gestion des stocks ;
  • La gestion de trésorerie ;
  • L’export du fichier des écritures comptables (FEC) ;
  • Et si la taille de votre startup le nécessite, la possibilité d’avoir accès à de l’expertise comptable.

Quels sont les prix d’un logiciel de compta pour les startups ?

Les tarifs d’un logiciel de compta pour les startups sont variables, mais ce qu’il faut avoir en tête, c’est qu’il ne vaut mieux pas regarder les prix en premier. On sait que c’est facile à dire, que le budget est une affaire sérieuse et d’autant plus quand on est une startup…

Mais si vous regardez avant tout à la dépense, vous risquez de passer à côté des fonctionnalités dont vous avez vraiment besoin, de faire le mauvais choix et de vous retrouver avec un outil qui ne vous aide pas à gagner autant du temps.

Comment choisir parmi les outils comptabilité pour les startups ?

On vous le disait juste au-dessus : peu importe le logiciel, on conseille toujours de partir du besoin. Pour choisir, parmi les outils de comptabilité pour les startups, celui qui vous correspond, voici notre mode d’emploi :

  • D’abord, définissez clairement votre besoin. Listez les fonctionnalités qui vous semblent absolument nécessaires, et séparez-les de celles vous paraissant optionnelles ;
  • Ensuite, demandez-vous ce qui est vraiment important pour vous. Ce peut être le fait d’avoir accès à un support extrêmement réactif, de pouvoir mettre en place beaucoup d’automatisation, ou l’évolutivité du logiciel… Bref, affinez votre attente ;
  • Fixez-vous un budget, avec une fourchette haute à ne pas dépasser. Cela vous permettra d’éliminer d’office les logiciels vraiment trop chers pour vous, et vous obtiendrez ainsi une shortlist ;
  • Enfin si votre shortlist est encore longue, promenez-vous sur les sites des éditeurs, observez les vidéos démo pour apercevoir le design, souscrivez aux offres d’essai… Vous verrez que l’un des candidats finira par l’emporter assez naturellement !

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auteur-juliette Juliette Lécureuil

Journaliste

Juliette est journaliste, rédactrice et community manager freelance.

Diplômée de l’École publique de journalisme de Tours et passée par Prisma Media, l’EFS et LCI, Juliette écrit sur tous les sujets liés à l’entrepreneuriat et aux logiciels B2B.

Ses trois logiciels préférés : Notion pour l’organisation, Indy pour la compta et MerciApp pour l’orthographe irréprochable.

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