Les 9 meilleurs logiciels de comptabilité pour TPE en 2025

Juliette Lécureuil – mis à jour le 05/02/2025

Quand on est à la tête d’une très petite entreprise (TPE), on cherche généralement à s’équiper du meilleur outil pour se faciliter la vie… Sauf qu’en cherchant le logiciel de comptabilité pour TPE parfait, on s’aperçoit vite qu’il n’existe pas !

En réalité, il y a autant de bons outils de comptabilité pour les TPE qu’il y a de très petites entreprises.

Dans cet article, on vous aide à choisir celui qui correspond à votre besoin en passant en revue un logiciel de gestion pour les TPE après l’autre.

En bref :

Si vous avez la flemme de lire notre article, voici nos recommandations ❤️ :

  • Pennylane pour les TPE qui cherchent le logiciel de comptabilité le plus complet ;
  • Indy pour les indépendants, les professions libérales et les TPE qui cherchent le meilleur rapport qualité/prix pour automatiser leur comptabilité ;
  • Sellsy ou Axonaut pour les TPE et PME à la recherche d’un logiciel de gestion français avec un bon module de pré-comptabilité et des fonctionnalités autour de la vente et du marketing incluses ;
  • Cegid pour les PME et ETI qui cherchent un logiciel comptabilité très complet avec de nombreux modules complémentaires.

Notre sélection de 9 logiciels de comptabilité pour TPE

Indy, pour les TPE qui veulent automatiser leur comptabilité

indy TPE

Premier logiciel de comptabilité pour TPE de notre sélection : Indy, qui s’adresse avant tout aux indépendants en proposant un outil à la fois simple et capable d’automatiser leur comptabilité.

Un outil de gestion pour les TPE que l’on apprécie particulièrement pour son design et sa facilité d’utilisation, avec un excellent rapport qualité prix puisqu’il permet de gagner du temps sans se ruiner. 

Indy fonctionne sur un modèle freemium, avec une offre gratuite “juste” pour la comptabilité et un forfait payant pour accéder en plus aux fonctionnalités permettant de souscrire les déclarations obligatoires.

Pennylane, le logiciel de comptabilité que nous recommandons le plus pour les TPE

pennylane tpe

Pennylane fait aussi partie de nos préférés. Au menu de cette plateforme de gestion financière tout-en-un, un logiciel en self-service qui n’exclut pas la possibilité d’être accompagné par un comptable en ligne partenaire si besoin.

Doté de toutes les fonctionnalités nécessaires, il constitue d’après notre analyse l’outil le plus complet du marché, d’autant plus performant qu’il permet de nombreuses intégrations et fait l’objet d’évolutions régulières. 

Des qualités reconnues par ses clients, qui sont globalement très satisfaits – le niveau de satisfaction client ne trompe pas. Petit bémol : les tarifs se situent plutôt dans la fourchette haute du marché.

Sage, l’un des leaders du logiciel de comptabilité pour TPE

sage compta

Vous pouvez aussi regarder du côté de chez Sage. Cette entreprise britannique édite un ERP et plusieurs logiciels de comptabilité, mais celui qui nous intéresse ici est Sage Compta et Facturation.

L’outil est aisé à prendre en main, et l’on apprécie les nombreuses ressources en ligne pour s’y familiariser encore plus rapidement. En revanche, petite alerte sur le support, pas toujours joignable… En cas de bug/question, il faut savoir s’armer de patience.

L’avantage de la souscription à l’un des logiciels Sage, c’est qu’elle a l’avantage de pouvoir évoluer au rythme de l’entreprise : rien n’empêche de passer à Sage 50cloud si le besoin s’en fait sentir.

MaCompta, le logiciel de comptabilité le plus simple (et le moins cher) pour les TPE

macompta TPE

Macompta est un logiciel de comptabilité en ligne qui s’adapte bien aux besoins des TPE, avec beaucoup de fonctionnalités et des prix très compétitifs – à partir de 5 € par mois avec un abonnement annuel. 

Un outil de gestion pour les TPE qui fait l’objet d’un (vrai) bon service client, mais qui ne convient malheureusement pas aux entreprises devant gérer des stocks, puisqu’il n’existe pas de module dédié. 

Evoliz, le logiciel de pré-comptabilité français

evoliz petite entreprise

Le logiciel de gestion d’entreprise pour les TPE Evoliz a des atouts en quantité : une ergonomie qui le rend facile à utiliser, un outil de facturation performant, des certifications NF525 et NF203 pour être parfaitement en règle, et de nombreuses possibilités de personnalisation.  

Néanmoins, on regrette le paramétrage un peu long, qui peut décourager les entrepreneurs les moins à l’aise avec l’informatique, et le prix qui peut vite grimper quand on veut accéder à des fonctionnalités plus poussées.

Axonaut, le logiciel de gestion français avec module de pré-comptabilité

axonaut société

ERP français, Axonaut propose aux TPE un outil complet, qui permet de gérer les clients de la prospection à l’encaissement. Pour la partie comptabilité, pas grand-chose à redire, le logiciel est ergonomique et le service client disponible.

Côté CRM, les basiques d’un bon CRM sont bien là car l’entreprise se concentre sur l’essentiel. Là où le bât blesse, c’est plutôt au niveau du module marketing, qui ne convient qu’aux besoins très simples… Mais pour une TPE, cela peut suffire.

Sinao, le logiciel de pré-comptabilité français qui mise sur la simplicité d’utilisation

sinao tres petite entreprise

Chez Sinao, le mot d’ordre est simplicité d’utilisation. Ce logiciel de compta pour les TPE permet de gérer à la fois sa comptabilité, sa facturation et sa gestion grâce à un nombre important de fonctionnalités.

Un outil complet au design pointu, qui permet d’adresser intuitivement tous les sujets en rapport avec la gestion de son entreprise. Le hic reste son prix, qui le rend inaccessible à certains budgets.

Cegid, l’acteur français historique de la comptabilité des TPE

Cegid tpe

Parmi les outils de comptabilité pour les TPE, il y a aussi Cegid. Et notamment pour son aspect tout-en-un : avec ses différents outils, il convient à tous profils de professionnels – et donc, quand on fait le bon choix, aux TPE.

Qui dit bon choix dit Cegid Devis Facture et Cegid Gestion Commerciale, l’un doté de fonctionnalités très poussées et l’autre très efficace pour les TPE qui gèrent des achats et des stocks.

On regrette cependant le manque de transparence au niveau des prix, et le service client, difficile à contacter et peu réactif… À éviter quand on sait que l’on a besoin d’être accompagné.

Tiime, le logiciel de facturation et comptabilité pour les « petites » TPE

tiime tpe

Dernier choix de notre sélection d’outils de comptabilité pour les TPE : Tiime, une solution de précomptabilité tout-en-un dont on apprécie également le design, et qui a l’avantage de proposer une offre gratuite avec beaucoup de fonctionnalités.

Un fait suffisamment rare pour être souligné… Même si Tiime est surtout performant sur la partie facturation et un peu moins sur la partie comptabilité. Autre point à déplorer : le manque de transparence sur les tarifs, difficiles à trouver.

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Quelles sont les fonctionnalités d’un logiciel de comptabilité pour TPE ?

Avant d’entrer dans le vif du sujet, laissez-nous vous re-dessiner le profil des très petites entreprises. Pour rappel, on parle de TPE lorsqu’une entreprise emploie moins de 10 salariés, et enregistre un chiffre d’affaires annuel n’excédant pas 2 millions d’euros. 

Aujourd’hui, on rassemble les TPE et les entreprises individuelles au sein d’une seule et même catégorie intitulée “microentreprise” – si vous avez besoin de vous rafraîchir la mémoire, par ici notre guide des tailles d’entreprise.

On l’écrivait en introduction : en matière de logiciel de compta pour les TPE, chaque TPE a des besoins différents. Néanmoins, on relève tout de même quelques similarités dans leurs grandes problématiques du quotidien…

Et notamment en matière de gestion : comparé aux petites et moyennes entreprises (PME), aux entreprises de taille intermédiaires (ETI) et aux grandes entreprises (GE), les TPE ont généralement une gestion comptable simplifiée.

Néanmoins lorsque leur activité se développe, elles sont généralement confrontées au dilemme suivant : comment trouver un logiciel de compta pour les TPE qui soit à la fois efficace et adapté à leur taille, tout en restant abordable ?

Si vous faites partie de cette catégorie d’entreprise, voici les fonctionnalités que vous devez impérativement retrouver parmi les outils de comptabilité pour TPE qui composent votre shortlist :

  • La saisie comptable – on parle aussi et tout simplement de “tenue de la comptabilité” – qui permet d’alimenter les états financiers de votre entreprise ;
  • La gestion de la facturation, l’un des fondamentaux de tout bon logiciel de comptabilité pour TPE pour pouvoir personnaliser vos devis et factures ;
  • Le suivi des dépenses pour enregistrer et catégoriser vos dépenses professionnelles et celles de vos collaborateurs ;
  • Pour vous et vos collaborateurs, la gestion des notes de frais ;
  • Si vous en êtes redevable, la gestion de la TVA, mais aussi des autres déclarations ;
  • Le suivi du paiement des factures et – quand nécessaire – des relances ;
  • Quand il y a lieu, la gestion des stocks et des immobilisations ;
  • Manuellement ou grâce à la synchronisation bancaire, le suivi de votre trésorerie ;
  • La possibilité d’exporter le FEC (fichier des écritures comptables) ;
  • Et enfin, la possibilité de bénéficier du conseil d’un expert-comptable.

Quels sont les prix d’un logiciel de comptabilité pour TPE ?

Pour pas mal de TPE, la variable d’ajustement est le prix… Et on les comprend. Chez Tool Advisor, on fait en sorte que vous choisissiez un outil qui s’adapte à vous plutôt qu’un logiciel “dans votre budget”, les deux n’étant évidemment pas incompatibles. 

On vous encourage donc à partir de votre besoin, et à ne considérer le budget que dans un second temps, pour ne pas être biaisé par ce critère. Notre meilleur conseil : n’hésitez pas à souscrire aux essais gratuits quand il y en a pour vous faire une idée de l’ergonomie ! Vous pouvez même trouver un logiciel de comptabilité gratuit

Comment choisir le logiciel de comptabilité qui vous correspond ?

Si notre sélection comporte uniquement les outils que nous considérons comme efficaces, chaque logiciel de comptabilité pour TPE est différent. Voici quelques conseils pour trouver celui qu’il vous faut

  • Essayez de bien déterminer les contours de votre besoin, en faisant une liste des fonctionnalités dont vous estimez avoir impérativement besoin. Cela permettra d’exclure les logiciels que vous n’utiliserez pas au maximum de leurs capacités ;
  • Listez les points sur lesquels vous ne pouvez absolument pas transiger : un support client en Français ? Une ergonomie qui correspond à votre niveau de maîtrise des outils informatiques (= très simple si vous n’êtes pas vraiment à l’aise) ?
  • Fixez-vous un budget. Vous pourrez ainsi raccourcir votre shortlist en ne gardant que les logiciels avec les fonctionnalités dont vous avez besoin, qui correspondent à votre profil, et qui ne dépassent pas le budget dont vous disposez ;
  • Si vous devez encore choisir entre plusieurs, faites les essais gratuits quand ils sont proposés, et/ou promenez-vous sur les sites des logiciels. Parfois, un seul coup d’oeil suffit pour être conquis !

Besoin de conseils avisés et personnalisés ? N’hésitez pas à nous contacter en passant par notre formulaire de contact, nous répondons en 24h.

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auteur-juliette Juliette Lécureuil

Journaliste

Juliette est journaliste, rédactrice et community manager freelance.

Diplômée de l’École publique de journalisme de Tours et passée par Prisma Media, l’EFS et LCI, Juliette écrit sur tous les sujets liés à l’entrepreneuriat et aux logiciels B2B.

Ses trois logiciels préférés : Notion pour l’organisation, Indy pour la compta et MerciApp pour l’orthographe irréprochable.

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