Logiciel de comptabilité pour autoentrepreneur : notre sélection des 8 meilleurs logiciels en 2025

Juliette LĂ©cureuil – mis Ă  jour le 18/01/2024

Vous êtes autoentrepreneur et vous recherchez le logiciel de comptabilité idéal pour votre activité ? Vous êtes au bon endroit.

En complément, de notre comparatif des logiciels de comptabilité en ligne, nous nous concentrons aujourd’hui uniquement sur les logiciels de comptabilité à destination des autoentrepreneurs.

Tool Advisor c’est quoi ? C’est un comparateur qui compare vraiment. Nous testons, analysons et dĂ©cryptons chaque logiciel prĂ©sent sur Tool Advisor pour vous donner nos conseils en gardant notre indĂ©pendance.

Pour vous proposer le comparatif des logiciels de comptabilité pour autoentrepreneur ou microentrepreneur le plus complet et transparent, nous avons analysé les logiciels de comptabilité selon le même processus :

  • Analyse des fonctionnalitĂ©s et du site internet ;
  • Test du logiciel ;
  • Échanges avec des utilisateurs satisfaits et insatisfaits ;
  • Étude de l’e-rĂ©putation ;
  • Analyse des tarifs ;
  • Étude des points forts et des points faibles ;
  • DĂ©finition du profil de client idĂ©al pour chaque logiciel de comptabilitĂ©.

Pour vous faire gagner du temps, nous avons aussi dĂ©veloppĂ© un outil gratuit (qui s’adresse Ă  tous les profils de professionnels) qui vous donne une recommandation personnalisĂ©e et dĂ©taillĂ©e en fonction de votre profil et de votre besoin.

Notre sélection de 8 logiciels de devis facture pour autoentrepreneur

Deux types de logiciels seront prĂ©sentĂ©s dans cet article : les logiciels spĂ©cialisĂ©s sur la facturation et les logiciels spĂ©cialisĂ©s sur la comptabilitĂ©. Le but est de couvrir l’ensemble des besoins des autoentrepreneurs, des plus simples au plus poussĂ©s.

logiciel de comptabilite autoentrepreneur

Les 8 logiciels de comptabilité que nous recommandons le plus aux autoentrepreneurs sont :

  • Abby ;
  • Indy ;
  • Freebe ;
  • Pennylane ;
  • Evoliz ;
  • Tiime ;
  • Sage ;
  • Macompta.

Auparavant parmi les logiciels les plus recommandés, nous ne conseillons plus Quickbooks car la version française du logiciel a fermé fin 2023.

Les logiciels sĂ©lectionnĂ©s dans cet article obtiennent les meilleures notes sur Tool Advisor grâce Ă  un bon Ă©quilibre entre excellent niveau de satisfaction client, facilitĂ© d’utilisation et nombreuses fonctionnalitĂ©s dĂ©diĂ©es aux autoentrepreneurs.

Nous avons sĂ©lectionnĂ© des logiciels de comptabilitĂ© qui rĂ©pondent Ă  diffĂ©rents besoins : des logiciels simples d’utilisation rapides Ă  prendre en main, des logiciels qui s’intègrent avec d’autres outils complĂ©mentaires, des logiciels pour diffĂ©rents budgets et surtout des logiciels de devis facture avec des fonctionnalitĂ©s dĂ©diĂ©es aux autoentrepreneurs.

En deux mots : il y en a pour tous les budgets et tous les besoins (OK ça fait plus que 2 mots).

Abby

Abby autoentrepreneur

Abby est un logiciel de facturation complet pour les autoentrepreneurs. DĂ©jĂ  utilisĂ© par plus de 35 000 entrepreneurs, le logiciel s’est rapidement imposĂ© comme un des plus utilisĂ©s par les autoentrepreneurs qui composent son cĹ“ur de cible.

Le logiciel est plus qu’un logiciel de facturation puisqu’il couvre l’ensemble de la gestion d’une microentreprise :

  • Édition de devis et facture ;
  • DĂ©claration ;
  • ComptabilitĂ© ;
  • Pilotage.

Le logiciel est simple à utiliser et très complet avec une note de satisfaction client très élevé sur Tool Advisor.

Seul bémol : il ne convient pas aux sociétés. Si votre microentreprise évolue, il faudra donc trouver un autre logiciel de comptabilité.

Abby est un des logiciels que nous recommandons le plus aux autoentrepreneurs aussi bien sur sa version gratuite que sur sa version payante.

Le logiciel est sans engagement et propose une version d’essai de 7 jours, idĂ©ale pour se familiariser avec le logiciel.

Prix (Ă  partir de) Lien vers le site
Abby Ă€ partir de 0€HT/mois Voir l’offre pour les autoentrepreneurs

Indy

indy autoentrepreneur

Indy est un logiciel de comptabilité qui propose également un logiciel de facturation gratuit. Historiquement, le logiciel automatise la comptabilité des indépendants et des sociétés. Indy a récemment sorti un logiciel de facturation qui intéressera les autoentrepreneurs.

Le logiciel est utilisé par plus de 70 000 indépendants.

Moins complet sur la partie facturation que d’autres logiciels, le logiciel est très complet sur la partie comptabilitĂ© :

  • Édition de devis et facture ;
  • Automatisation de la comptabilitĂ© (Synchronisation bancaire, catĂ©gorisation intelligente)  ;
  • Pilotage.

Le logiciel est sans engagement et propose une version d’essai de 15 jours, idĂ©ale pour se familiariser avec le logiciel. Vous avez aussi un mois offert en passant par Tool Advisor.

Prix (Ă  partir de) Lien vers le site
Indy Ă€ partir de 0€HT/mois Voir l’offre pour les autoentrepreneurs

Freebe

Freebe autoentrepreneur

Si vous cherchez un logiciel pour autoentrepreneur spécialisé uniquement sur les freelances, difficile de faire mieux que Freebe qui a développé tout son logiciel en fonction des problématiques des freelances. Un logiciel pour les freelances par des freelances (comme ils disent).

Le logiciel couvre l’ensemble des besoins des autoentrepreneurs :

  • Édition de devis et facture ;
  • Gestion client ;
  • Suivi des temps ;
  • Synchronisation bancaire ;
  • Recettes / Achats ;
  • DĂ©claration de CA ;
  • Paiements ;
  • App mobile ;
  • Dashboard.

Freebe fait partie des 3 logiciels que nous recommandons le plus aux autoentrepreneurs.

Le logiciel est sans engagement et propose une version d’essai de 30 jours. Vous avez aussi deux mois offert avec le code TOOLADVISOR.

Prix (Ă  partir de) Lien vers le site
Freebe Ă€ partir de 11€HT/mois Voir l’offre pour les autoentrepreneurs

Pennylane

Pennylane autoentrepreneur

Pennylane est le logiciel de comptabilitĂ© que nous recommandons le plus sur Tool Advisor. Si la version complète sera peut-ĂŞtre trop « complète » pour les autoentrepreneurs (Pennylane s’adresse plus aux sociĂ©tĂ©s), le logiciel reste intĂ©ressant pour les autoentrepreneurs qui ont des besoins poussĂ©s.

Au niveau des fonctionnalitĂ©s Pennylane c’est :

  • L’Ă©dition de devis et facture ;
  • La centralisation des flux financiers (rĂ©cupĂ©ration de factures fournisseurs et carte de paiement Pennylane) ;
  • Le paiement en 1 clic ;
  • Le pilotage poussĂ© de votre activitĂ©.

L’intĂ©rĂŞt de Pennylane, c’est que vous n’aurez pas besoin de changer de logiciel si vous passez en sociĂ©tĂ©.

Le logiciel est sans engagement et propose 15 jours offerts. Ne cherchez pas, mĂŞme si on les recommande beaucoup, on n’a pas rĂ©ussi Ă  nĂ©gocier une rĂ©duc’.

Prix (Ă  partir de) Lien vers le site
Pennylane Ă€ partir de 14€HT/mois Voir l’offre pour les autoentrepreneurs

Evoliz

Evoliz autoentrepreneur

Evoliz est un logiciel de prĂ©-comptabilitĂ© (il ne va pas jusqu’au bilan mais prĂ©pare tous les Ă©lĂ©ments comptables et se connecte au logiciel de votre expert-comptable). Il s’adresse donc aussi bien aux autoentrepreneurs qu’aux sociĂ©tĂ©s.

Le logiciel est très complet :

  • Édition de devis et factures ;
  • Collecte des factures fournisseurs ;
  • Notes de frais ;
  • Bons de commande et livraison ;
  • Gestion des impayĂ©s (avec paramĂ©trage des emails de relance de facture impayĂ©e) ;
  • Synchronisation bancaire ;
  • PrĂ©-comptabilitĂ© ;
  • Tableaux de bord.

Le logiciel s’adresse donc aux autoentrepreneurs qui ont besoin d’un logiciel complet mĂŞme si l’abonnement le moins cher reste très compĂ©titif.

Evoliz est sans engagement et propose 30 jours d’essai.

Prix (Ă  partir de) Lien vers le site
Evoliz Ă€ partir de 15€HT/mois Voir l’offre pour les autoentrepreneurs

Tiime

tiime autoentrepreneur

Tiime est un logiciel de facturation et comptabilitĂ© complet mais nous le conseillons plus sur la partie facturation grâce Ă  sa version gratuite très complète. C’est simple, si on compare les versions gratuites des logiciels, Tiime propose la version avec le plus de fonctionnalitĂ©s :

  • Édition de devis et factures ;
  • Remises et acomptes ;
  • Relances client ;
  • Facture rĂ©currente ;
  • Application mobile

On ne parle que de la partie facturation du logiciel. Tiime, c’est aussi la gestion des achats, des notes de frais, le compte pro, les indemnitĂ©s kilomĂ©triques et des tableaux de bord.

Prix (Ă  partir de) Lien vers le site
Tiime Ă€ partir de 0€HT/mois Voir l’offre pour les autoentrepreneurs

Sage

Sage autoentrepreneur

Sage est un logiciel de comptabilitĂ© au positionnement similaire Ă  Pennylane. C’est un logiciel de comptabilitĂ© qui propose une offre intĂ©ressante pour les autoentrepreneurs avec son abonnement Sage 50 qui vous permet de gĂ©rer la gestion commerciale et la comptabilitĂ©.

Les prix sont plus Ă©levĂ©s que les autres logiciels (Ă  partir de 19€) mais Sage est beaucoup plus complet. On trouve que le logiciel souffre de la comparaison avec Pennylane mais c’est incontournable du marchĂ©, d’oĂą sa prĂ©sence ici.

Vous pouvez tester le logiciel gratuitement pendant 30 jours.

Prix (Ă  partir de) Lien vers le site
Sage Ă€ partir de 19€HT/mois Voir l’offre pour les autoentrepreneurs

Macompta.fr

MaCompta autoentrepreneur

Macompta.fr est un logiciel de gestion complet : facturation, comptabilitĂ©, paie, note de frais et immobilisations. L’objectif du logiciel est de rendre accessible la comptabilitĂ© Ă  des dĂ©butants. Sur la partie facturation, Macompta.fr propose un des meilleurs rapports qualitĂ©/prix avec un logiciel de facturation Ă  7€/mois.

Malheureusement, nous le recommandons moins que les autres logiciels pour deux raisons :

  • Le manque d’automatisation ;
  • Le design et la facilitĂ© d’utilisation en retrait par rapport aux autres logiciels.

Le logiciel conviendra donc plus aux autoentrepreneurs qui ont besoin d’un logiciel simple.

Prix (Ă  partir de) Lien vers le site
Macompta.fr Ă€ partir de 7€HT/mois Voir l’offre pour les autoentrepreneurs

Quelles sont les fonctionnalitĂ©s d’un logiciel de comptabilitĂ© pour autoentrepreneur ?

Il faut différencier les fonctionnalités classiques des logiciels de comptabilité des fonctionnalités dédiées aux autoentrepreneurs.

Les fonctionnalités des logiciels de comptabilité généralistes pour autoentrepreneurs :

  • Édition de devis et facture ;
  • Bons de commande et livraison ;
  • Facturation rĂ©currente ;
  • Suivi et relances des impayĂ©s ;
  • Personnalisation des devis et factures ;
  • Suivi des clients ;
  • Automatisation (rappel et alertes) ;
  • Synchronisation bancaire ;
  • Module tableau de bord.

La majoritĂ© des logiciels prĂ©sentĂ©s dans cet article propose l’ensemble de ces fonctionnalitĂ©s mĂŞme si la qualitĂ© est inĂ©gale d’un logiciel Ă  l’autre. L’intĂ©rĂŞt de cet article est de se plonger dans les fonctionnalitĂ©s qui vous intĂ©ressent : celles dĂ©diĂ©es aux autoentrepreneurs.

Les fonctionnalités des logiciels de comptabilité pour autoentrepreneurs

La comptabilitĂ© des autoentrepreneurs est plus simple que la comptabilitĂ© des sociĂ©tĂ©s. Les fonctionnalitĂ©s dĂ©diĂ©es aux autoentrepreneurs consistent surtout Ă  l’automatisation des dĂ©clarations de CA et aux alertes de dĂ©passement des seuils mais ce n’est pas tout.

De nombreux logiciels se sont spécialisés sur les autoentrepreneurs du digital avec les fonctionnalités suivantes :

  • Le suivi des temps ;
  • To-do list ;
  • Personnalisation ;
  • La gestion commerciale ;
  • L’automatisation ou l’aide aux dĂ©clarations ;
  • Les intĂ©grations avec d’autres logiciels.

Certains logiciels proposent Ă©galement avec la signature Ă©lectronique et un mini-CRM.

Les logiciels de comptabilité pour autoentrepreneurs sont pour la plupart accessibles sur smartphone, tablette et ordinateur.

Quels sont les prix des logiciels de comptabilité pour autoentrepreneur ?

Il existe des logiciels pour tous les budgets mais une tendance se dégage : les logiciels de comptabilité avec une partie facturation sont plus chers que les logiciels de facturation spécialisés.

Chez Tool Advisor, un de nos principaux conseils est d’encourager les autoentrepreneurs à aller au-delà du prix pour choisir l’outil de comptabilité qui leur correspond.

Les logiciels de comptabilité proposent différents abonnements en fonction de vos besoins. Ils proposent aussi :

  • Des versions gratuites ;
  • Des essais gratuits de 15 ou 30 jours ;
  • Des rĂ©ductions (mois offerts ou un pourcentage de rĂ©duction pour une souscription annuelle).

On vous le rĂ©pète : le prix doit ĂŞtre la variable d’ajustement en cas d’Ă©galitĂ© entre 2 logiciels de devis facture.

Les prix indiqués dans la présentation de chaque logiciel de comptabilité pour autoentrepreneur correspondent au prix mensuel sans réduction.

Notre conseil : profitez des offres d’essai pour tester les logiciels et voir s’ils correspondent Ă  vos besoins.

Découvrez le logiciel de comptabilité qui correspond à votre profil, vos besoins et vos critères en moins de 2 minutes.

Comment faire le bon choix de logiciel de comptabilité quand on autoentrepreneur ?

Le meilleur logiciel de comptabilitĂ© pour autoentrepreneur n’existe pas, vous devez choisir le logiciel qui correspond Ă  vos besoins, votre profil et votre budget.

Pour vous aider, nous vous conseillons de vous poser ces 3 questions :

Avez-vous besoin d’un logiciel de comptabilitĂ© gratuit ou payant ?

Il existe de nombreux logiciels de comptabilité gratuits disponibles dans notre comparatif. Ils possèdent moins de fonctionnalités que les logiciels payants et sont souvent limités mais ils permettent de gérer une facturation simple.

Ces logiciels peuvent vous convenir, tout dépend souvent du nombre de factures à gérer.

Si vous voulez des fonctionnalités plus poussées. Il faudra opter pour un logiciel payant.

La limite entre gratuit et payant se situe souvent au niveau de l’automatisation (rappel, relance, facturation automatique, facturation récurrente), de la précomptabilité et de la partie analytique (statistique, tableau de bord, données financières consolidées, prévisionnel chiffre d’affaires, recettes et dépenses).

Quelles fonctionnalités sont indispensables pour votre activité ?

Comment nous l’avons vu précédemment, les logiciels de comptabilité gratuits répondent tout de même à beaucoup de besoins. Si vous souhaitez plus de fonctionnalités, classez-les de la plus importante à la moins importante.

Les logiciels de comptabilité payants vont plus loin dans les fonctionnalités complémentaires :

  • CRM/Gestion commerciale ;
  • Export du fichier des Ă©critures comptables (FEC) ;
  • Tableau de bord ;
  • Suivi de trĂ©sorerie ;
  • Gestion de projet/chantier.

Nous vous conseillons de réfléchir au gain de temps que vous amènera le logiciel. Un logiciel de comptabilité coûte rarement plus de 25€ par mois, si vous gagnez 1 ou 2h par semaine, l’outil de comptabilité est rapidement rentabilisé.

Avez-vous besoin d’intégrer votre outil de devis facture avec d’autres logiciels ?

Les logiciels de comptabilité s’intègrent souvent avec d’autres logiciels utilisés par les autoentrepreneurs comme :

La question est simple : avez-vous besoin que votre outil de comptabilité soit relié à un autre logiciel ? Si oui, regardez si l’intégration est possible et facilement réalisable.

Choisir le bon logiciel de comptabilité quand on est autoentrepreneur prend du temps. C’est pour cette raison que nous avons créé Tool Advisor. En plus de cet article dédié aux logiciels de devis et facture pour microentrepreneur, nous mettons à votre disposition un questionnaire rapide qui vous oriente vers le logiciel qui vous correspond en moins de 2 minutes.

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auteur-juliette Juliette LĂ©cureuil

Journaliste

Juliette est journaliste, rédactrice et community manager freelance.

Diplômée de l’École publique de journalisme de Tours et passée par Prisma Media, l’EFS et LCI, Juliette écrit sur tous les sujets liés à l’entrepreneuriat et aux logiciels B2B.

Ses trois logiciels prĂ©fĂ©rĂ©s : Notion pour l’organisation, Indy pour la compta et MerciApp pour l’orthographe irrĂ©prochable.

Découvrez le logiciel de comptabilité qui correspond à votre profil, vos besoins et vos critères en moins de 2 minutes.