Les 4 Meilleurs Experts Comptables en Ligne (et 4 Logiciels) pour Auto-Entrepreneur en 2025 : Le Comparatif Complet

Gatien Guemas – mis à jour le 30/01/2025

8,3%. C’est le pourcentage de nos utilisateurs qui passent par notre outil pour découvrir leur futur expert-comptable qui se déclarent auto-entrepreneur.

Pourquoi les auto-entrepreneurs recherchent-ils un expert-comptable alors qu’ils n’en ont pas l’obligation ? Parce que l’expertise-comptable ne se limite pas à la production comptable mais comprend aussi le conseil par des spécialisteset parce que même s’ils peuvent gérer leur comptabilité de manière autonome, les auto-entrepreneurs souhaitent aussi déléguer cette partie de leur activité.

Malgré l’augmentation du nombre d’auto-entrepreneurs, le marché de l’accompagnement comptable pour les auto-entrepreneurs est encore peu développé. Il existe pourtant des solutions que nous allons vous présenter aujourd’hui.

Disclaimer : toutes les solutions de comptabilité pour les autoentrepreneurs présentées ne sont pas des experts-comptables. Il existe trois possibilités pour la comptabilité des autoentrepreneurs : choisir un expert-comptable, utiliser un logiciel de comptabilité ou utiliser une solution logicielle avec de l’accompagnement.

En bref :

Si vous avez la flemme de parcourir toute notre sélection, voici nos coups de ❤️ pour les auto-entrepreneurs :

  • Dougs pour l’expert-comptable avec le meilleur rapport qualité/prix
  • Indy et Abby pour un logiciel de comptabilité sans accompagnement comptable
  • Superindep pour un accompagnement administratif poussé

Notre sélection de 4 experts-comptables pour auto-entrepreneur

Notre sélection se compose uniquement d’experts-comptables en ligne mais certains experts-comptables traditionnels proposent aussi des offres pour les auto-entrepreneurs.

Pourquoi notre sélection se limite à 4 experts-comptables alors que nous avons étudié plus de 10 cabinets en ligne dans notre comparatif des experts-comptables en ligne ? De nombreux acteurs en ligne refusent les auto-entrepreneurs : pas assez rentable ou hors du cœur de cible, désolé de vous l’annoncer mais les auto-entrepreneurs ne sont souvent pas la priorité des cabinets d’expertise-comptable.

Pour autant, cela risque de rapidement changer – et cet article sera mis à jour. L’augmentation du nombre de microentreprises est un premier argument. La demande grandissante d’accompagnement de la part des auto-entrepreneurs est un deuxième bon argument.

1. Dougs, l’expert-comptable en ligne pour microentrepreneurs avec le meilleur rapport qualité/prix

dougs autoentrepreneur

Le cabinet Dougs est le leader de la comptabilité en ligne et un des experts-comptables en ligne que nous recommandons le plus.

Dougs propose un excellent équilibre entre facilité d’utilisation de l’espace en ligne, qualité du conseil et prix compétitifs.

Dougs propose une offre dédiée aux auto-entrepreneurs au prix de 29€HT/mois et c’est l’expert-comptable que nous recommandons le plus aux auto-entrepreneurs qui ont besoin de conseils comptables.

Prix (à partir de)
Dougs 29€HT/mois

2. Comptastar, l’expert-comptable avec une offre pour les auto-entrepreneurs à moins de 10€/mois

comptastar comptabilité auto-entrepreneur

Comptastar est l’expert-comptable en ligne le plus récent du marché. La startup grandit vite grâce à une levée de fonds et de nombreuses offres pour tous les professionnels.

L’expert-comptable propose une offre logiciel + accompagnement à moins de 10€ : imbattable chez les experts-comptables. Malheureusement, les retours sont plutôt mitigés concernant Comptastar donc nous recommandons pour l’instant assez peu cet expert-comptable.

L’entreprise est encore jeune et à les moyens d’inverser la tendance. À suivre !

Prix (à partir de)
Comptastar 9,90€HT/mois

3. Wity, l’expert-comptable en ligne digital et humain

Wity expert comptable en ligne auto entreprise

Wity est un expert-comptable en ligne lancé le 1er février 2017 par 2 experts-comptables : Aurélie Charnier et Pascal Lorain. Après avoir levé 4,7 millions d’euros avec le groupe Secab en 2017, l’expert-comptable grandit vite et affiche désormais 1000 clients.

Le comptable en ligne, qui possède sa fiche détaillée sur Tool Advisor, cible les TPE, freelances, commerçants, VTC et les auto-entrepreneurs avec une offre dédiée très compétitive.

Wity est un cabinet plus petits que ses concurrents mais la satisfaction client est au rendez-vous.

Prix (à partir de)
Wity 29€HT/mois

4. Clémentine, l’un des leaders de la comptabilité en ligne

clémentine comptable auto entrepreneur

Clémentine (ex-Compta Clémentine) est un acteur historique de la comptabilité en ligne avec un lancement en 2012. Le cabinet d’expertise-comptable nancéen propose une offre très complète avec des chiffres impressionnants :

  • 15 000 clients ;
  • Des réductions jusqu’à 250€ lors d’opérations ponctuelles.

Vous vous demandez pourquoi Clémentine n’est pas plus haut dans notre sélection sur Tool Advisor malgré ses 15 000 clients ?

Chez Tool Advisor, on compare et on analyse vraiment et malheureusement, la réputation de Clémentine n’est pas flatteuse même si, on doit le reconnaître, cela s’arrange depuis quelques années. L’expert-comptable en ligne a eu de gros soucis de satisfaction client et il est compliqué pour nous de les recommander comme c’est un des points les plus importants dans notre analyse.

Prix (à partir de)
Clémentine 39€HT/mois

Les solutions alternatives à l’expertise-comptable pour les auto-entrepreneurs

Les solutions présentées dans cette partie ne sont pas des experts-comptables. Elles permettent cependant de gérer la comptabilité de votre auto-entreprise tout en bénéficiant de conseils par des spécialistes ou grâce à des ressources en ligne.

La profession d’expert-comptable est très réglementée et ces solutions ne peuvent pas se prévaloir du titre d’expert-comptable car ces entreprises ne sont pas inscrites au Tableau de l’Ordre des Experts-Comptables. Pour autant, ces solutions se rapprochent parfois des cabinets en ligne et sont des alternatives intéressantes.

5. Superindep, le logiciel qui automatise les déclarations des autoentrepreneurs avec un accompagnement premium

superindep comptabilite autoentreneur

Superindep est une jeune startup à mi-chemin entre un logiciel de comptabilité et un comptable en ligne. C’est la seule solution de cette partie qui propose un accompagnement humain par téléphone, visioconférence, email ou chat.

On apprécie beaucoup Superindep car elle se place sur un segment délaissé du marché des auto-entrepreneurs : un logiciel qui automatise vos déclarations + un accompagnement humain. Superindep propose également un logiciel de facturation gratuit.

Les retours des clients de Superindep sont très positifs (4,9/5 sur 354 avis sur Google). L’entreprise s’adresse aux auto-entrepreneurs qui ont besoin de gagner du temps sur leur comptabilité tout en bénéficiant d’un accompagnement par des spécialistes.

Prix (à partir de)
Superindep 19€HT/mois

6. Indy, le robot comptable pour les microentrepeneurs

indy comptable auto entrepreneurs

Plus connu que Superindep, Indy est un logiciel de comptabilité qui propose des solutions dédiées aux micro-entrepreneurs (devis, factures, compte pro, déclarations, etc).

Le logiciel de comptabilité automatise la comptabilité et facilite les déclarations (TVA, Chiffre d’Affaires, 2042-C-Pro, etc) grâce à un logiciel simple d’utilisation et intuitif ainsi qu’un excellent support client.

L’entreprise peut donc répondre aux besoins des microentrepreneurs et c’est la 2ème solution que nous recommandons le plus pour les auto-entrepreneurs qui cherchent un comptable même si Indy n’est pas un expert-comptable.

La comptabilité des micro-entrepreneurs est beaucoup plus simple que celle des sociétés et un logiciel permet de gérer facilement votre compta.

Prix (à partir de)
Indy 0€/mois

7. Abby, le logiciel français leader de la gestion des autoentrepreneurs

abby comptable en ligne autoentrepreneur

Abby est un logiciel de facturation complet à destination des microentrepreneurs.

L’entreprise française couvre tous les besoins des microentrepreneurs au sein d’un seul logiciel : édition de devis et facture, paiement, suivi clients, tableaux de bord et déclaration.

Le logiciel se distingue également par sa facilité d’utilisation, les nombreuses automatisations et ses prix très compétitifs. Abby propose une des offres gratuites les plus riches du marché.

Prix (à partir de)
Abby 0€/mois

8. Freebe, le logiciel de gestion pour les freelances

Freebe tarif comptabilite autoentrepreneur

Freebe est un logiciel de facturation, comptabilité et gestion qui s’adresse uniquement aux freelances en microentreprise et propose des fonctionnalités dédiées à ce public : devis, facturation, paiement, gestion clients, suivi des temps, tableaux de bord et… Déclarations de chiffre d’affaires.

Le logiciel est très simple d’utilisation et à l’avantage de réunir l’ensemble des besoins des auto-entrepreneurs au sein d’un seul et même endroit.

Les retours clients sont excellents et le prix très compétitif. Mais à ce prix-là, on s’éloigne du comptable en ligne pour les auto-entrepreneurs mais si vous êtes autonome (=que vous avez besoin de peu d’accompagnements), Freebe est une solution à envisager.

Prix (à partir de)
Freebe 15€/mois

Bonus : vous-même, la solution la moins chère pour les microentrepreneurs

N’oubliez pas que vous pouvez aussi gérer votre comptabilité vous-même lorsque vous êtes auto-entrepreneur. L’auteur de cet article, moi-même, parle par expérience de la microentreprise, les différents sites de l’administration ne sont pas les plus simples d’utilisation (euphémisme x 1000) mais mettre le nez dans sa comptabilité permet de garder un œil sur l’évolution de son activité et d’être parfois plus impliqué qu’en déléguant cette tâche.

Oui cela prend du temps, oui cela n’est pas forcément ce pour quoi vous avez lancé votre auto-entreprise mais gérer sa comptabilité soi-même à de nombreux avantages.

Quel est le prix d’un expert-comptable en ligne pour auto-entrepreneur ?

Le prix d’un expert-comptable pour auto-entrepreneur est plus de 2 fois moins cher que le prix d’un expert-comptable pour une société. Vous pouvez payer encore moins cher si vous passez par un logiciel (sans conseils comptables).

Si la comptabilité des auto-entrepreneurs est simplifiée, elle demande tout de même du temps à votre comptable et à votre comptable.

Pour vous donner quelques repères, les tarifs des experts-comptables en ligne démarrent entre 50€HT/mois et 80€HT/mois pour une société. Les tarifs peuvent être les mêmes pour un auto-entrepreneur mais la plupart des cabinets proposent des offres entre 25€/mois et 40€/mois.

Le tableau comparatif des solutions de comptabilités pour les auto-entrepreneurs

Conseils comptables Prix (à partir de) Automatisation des déclarations
Dougs 29€HT/mois
Comptastar 9,90€HT/mois
Wity 29€HT/mois
Clémentine 39€HT/mois
Superindep 19€HT/mois
Indy 0€HT/mois
Abby 0€HT/mois
Freebe 15€HT/mois
Vous-même 0€HT/mois

Pourquoi faire appel à un expert-comptable quand on est auto-entrepreneur ?

Avoir un expert-comptable n’est pas obligatoire pour les auto-entrepreneurs dont la comptabilité est simplifiée. Il y a pourtant plusieurs raisons qui poussent les microentrepreneurs à choisir un spécialiste de la comptabilité pour les accompagner.

Déléguer sa comptabilité pour gagner du temps

Malgré une comptabilité simplifiée, la comptabilité des auto-entrepreneurs prend du temps. Les obligations comptables des auto-entrepreneurs sont les suivantes : 

  • Tenir un livre des recettes avec les numéros de facture ;
  • Tenir un registre des achats si votre activité concerne l’achat et la revente de marchandises ;
  • Déclarer votre TVA si vous dépassez les seuils de chiffre d’affaires.

Votre expert-comptable peut s’occuper de toute votre comptabilité ou d’une partie et vous faire gagner du temps pour que vous puissiez vous consacrer entièrement au développement de votre activité.

Nous aimons parler d’investissement plutôt que de coûts lorsqu’on parle de logiciels ou de prestataires de services BtoB. La bonne question à vous poser est : combien êtes-vous prêt à dépenser pour gagner, 1, 2 ou 3h sur votre comptabilité chaque mois ?

Gagner du temps = diminuer sa charge mentale. Les auto-entrepreneurs ne sont pas tous des professionnels avec une longue expérience, faire appel à un professionnel permet aussi d’éviter le stress qu’engendre votre comptabilité. On ne parle pas uniquement des “phobiques administratifs”, ce conseil vaut aussi pour les auto-entrepreneurs qui ont du mal à s’organiser.

Être accompagné par un professionnel

L’expert-comptable est le partenaire privilégié de l’auto-entrepreneur pendant toute la durée de son activité. Il conseille, rassure et aide l’auto-entrepreneur.

Un expert-comptable permet d’éviter les erreurs sur sa comptabilité. Dans le cas d’un contrôle fiscal, votre cabinet d’expertise-comptable pourra vous accompagner.

L’intérêt d’un expert-comptable est aussi d’aider l’auto-entrepreneur dans la gestion de son entreprise :

  • L’expert-comptable met à votre disposition des outils qui vous aident à gagner en visibilité sur votre activité, il peut vous conseiller et vous accompagner si vous avez besoin de financements.
  • Versement libératoire ou imposition classique ? Passage de microentrepreneur à société ? Votre comptable vous aide à prendre les bonnes décisions et à faire grandir votre entreprise.

Votre expert-comptable vous permet de gagner en sérénité et d’avoir un professionnel avec de l’expérience qui vous accompagne dès que vous en avez besoin.

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Comment faire son choix ?

Pour connaître la solution qui s’adapte à votre profil et vos besoins, vous devez vous poser plusieurs questions :

  • Êtes-vous à l’aise avec les outils en ligne ?
  • Avez-vous besoin d’un accompagnement par un spécialiste ?
  • Souhaitez-vous vous débarrasser de votre comptabilité ou avoir des outils à disposition pour mieux la comprendre ?
  • Quel budget êtes-vous prêt à mettre pour votre comptabilité ?
  • Comment va évoluer votre auto-entreprise ?

Les solutions présentées dans cet article sont souvent sans engagement, même si certains experts-comptables en ligne ont des préavis assez long – 3 mois – pour résilier et qu’il est compliqué de résilier votre lettre de mission d’expertise-comptable avant votre bilan, vous pouvez en théorie changer d’expert-comptable facilement.

Chez Tool Advisor, on ne penche pas vers les experts-comptables pour auto-entrepreneurs ou les alternatives, on vous conseille de choisir la solution qui vous correspond. Les experts-comptables en ligne pour auto-entrepreneurs ou les alternatives présentées ont toutes d’excellents retours clients, vous pouvez donc difficilement faire un mauvais choix.

Si vous avez la moindre question pour choisir votre expert-comptable (pour auto-entrepreneur ou non), vous pouvez nous contacter en passant par notre formulaire de contact, on répond à toutes vos questions en 24h.

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Quel est le meilleur expert comptable en ligne pour auto-entrepreneur ?

Il n’y a pas de meilleur expert comptable en ligne pour auto-entrepreneur même si certains sortent du lot (Dougs pour les experts-comptables et Indy, Abby et Superindep pour les logiciels). Le meilleur sera celui qui correspond à votre profil et vos besoins.

Expert comptable en ligne gratuit : ça existe ?

Réponse courte : non. Réponse longue : non, un expert comptable en ligne gratuit n’existe pas. La raison est simple : si votre comptabilité est automatisée, contrairement à d’autres logiciels il y a un humain (le comptable) qui intervient derrière et il faut le rémunérer. Pour les logiciels, il existe des versions gratuites.

Comment faire si je n’ai pas trouvé la réponse à ma question au sein du comparatif ?

L’équipe de Tool Advisor répond à vos questions en moins de 24h. N’hésitez pas à nous contacter.

auteur-tool-advisor Gatien Guemas

Fondateur de Tool Advisor

Ses trois logiciels préférés : Notion, Calendly pour prendre des rendez-vous et l’indispensable Suite Google.

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